فضل شاكر أصبح مثيراً للجدل بمجرد إعتزاله الفن وإنضمامه إلى الجماعة السلفية بقيادة الشيخ أحمد الأسير، ودعمه للثورة السورية، إضافة إلى مطالبته بتكوين كتائب مسلحة لمحاربة الشيعة فى سوريا. ولكن يبدو ان علاقة فضل شاكر بالشيخ أحمد الأسير قد انتهت، حيث سيشارك الفنان اللبنانى المعتزل فى وصلة إنشادية فى مهرجان النصرة للثورة السورية الذى يقام غداً الأحد بمدينة صيدا السورية الذى تقيمه الجماعة الإسلامية، كما أنه قد صلى أمس الجمعة بجانب المسئول السياسى للجماعة باسم حمود بمسجد الحريرى، وليس كما هو معتاد أن يصلى بجانب الشيخ أحمد الأسير. وقد اعلنت الجماعة الإسلامية أن فضل شاكر سيعلن خلال الإنشادية انفصاله عن الجماعة السلفية بقيادة الشيخ أحمد الأسير، وانضمامه للجماعة الإسلامية. يأتى ذلك فى ظل وجود أزمة بين المطرب المعتزل والشيخ أحمد الأسير، وإتهام الأول للأخير بالإستيلاء على مبلغ 430 ألف دولار كان شاكر قد جمعها من رجال أعمال قطريين لإرسالها للمجاهدين فى سوريا كما نشرت بعض التقارير فى الصحافة اللبنانية.