أكد الشيخ نبيل نعيم مسئول تنظيم الجهاد السابق في مصر، أن الاسلوب الذي نفذت به عملية كنيسة العذراء بالوراق هو أسلوب الجماعات الجهادية التي تربطها علاقة فكرية بجماعة الإخوان المسلمين. وأضاف نعيم أن الهدف من وراء تلك العملية تأتي بناء علي توصيات التنظيم الدولي لإحداث فتنة طائفية في مصر وجر المسيحيين لحمل السلاح وتحويل الصراع في مصر لحرب أهلية. وتابع نعيم في تصريحات خاصة ل "صدي البلد" الداخلية قصرت بشدة في توفير التأمين اللازم للكنيسة ومعظم الخطأ يقع عليها في هذا الحادث، لافتا إلي أن الداخلية بها إختراقات من قبل الإخوان المسلمين. وأشار نعيم إلي أن هذه الحادثة يجب أن تخرس كل من يتحدث عن المصالحة لأن المصالحة ليست مطلبا شعبيا ومن يدعون لها يسعون لمصالح شخصية.