أقرت الكنيسة الإنجيلية نظاماً جديداً لاختيار قادتها إعمالا بمبدأ الديمقراطية يعتمد على مشاركة المجامع الإنجيلية في مصر في انتخاب رئيس سنودس النيل الإنجيلي ونائبه وسكرتيره. يأتي ذلك بشرط أن تكون مدة عمل كل منهم في السنودس 4 سنوات فقط، قابلة للتجديد بالانتخاب لمرة واحدة مماثلة لنظام الانتخابات الرئاسية المصرية. وصرح رئيس مجلس الإعلام والنشر بالكنيسة د. القس رفعت فكرى أن مصر بها 8 مجامع إنجيلية بواقع واحد لكل من القاهرة و الدلتا ومجمع الأقاليم الوسطى وملوى وأسيوط والمنيا وسوهاج والأقاليم العليا، وستكون لكل منها كتلة تصويتية فى انتخاب الرئيس ونائبه، مشيرا إلى أن الكنيسة الإنجيلية قد اتبعت هذا النظام الديمقراطي منذ سنوات وقبيل اندلاع ثورة يناير، إيمانا منها بحق المواطن في التغيير والبحث عن القيادة الأفضل. وأوضح أن أول من شملتهم سياسة الديمقراطية في الكنيسة كان رئيس الطائفة الدكتور صفوت البياضي الذي تم تحديد مدة رئاسته بثماني سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة. حيث قضى 4 سنوات من الفترة الثانية رئيساً للطائفة، ويتبقى له 4 سنوات أخرى ويتم انتخابه بواسطة المجلس الملي الإنجيلي الذي يتكون من20 عضواً، يمثلون الطوائف الإنجيلية المختلفة في أنحاء مصر.