رحب الإمام الأكبر شيخ الأزهر د.أحمد الطيب بأية أفكار أو آراء حتى لو تضمنت نقدا لبعض أعماله ومواقفه من جانب المواطنين كافة، وبخاصة نواب مجلس الشعب. وأضاف "غير أنه إذا كان التشريع يتعلق بالأزهر، فإن له بعلمائه وتاريخه كل الحق في ألا تصاغ القوانين التي تتعلق به بعيدا عن رأيه، وفي غيبة رؤية شيوخه وعلمائه". وأوضح بيان صادر عن مشيخة الأزهر الأربعاء 9 مايو بشأن ما تردد من استياء الإمام الأكبر، ورفضه ما يتعلق بما طرح في المجلس بمشروع قانون الأزهر أن الأزهر لم يعترض على القانون، ولا على حقوقه والنواب والسلطة التشريعية في اقتراح مشروعات قوانين ترى أنها للصالح العام غير انه من حق الأزهر وواجبه أن يوضح وجهة نظره فيما قدم إلى "لجنة المقترحات والشكاوى" بمجلس الشعب أخيرا، من النائب الأستاذ على قطامش وغيره، من مقترحات تكاد تقتصر على الحذف والبتر لنصوص بالغة الأهمية في التعديلات التي صدرت بالقانون 13 لسنة 2012م الذي يؤكد مرجعية الأزهر النهائية ومسئولية شيخه في كل ما يتصل بشئون الإسلام وعلومه وتراثه، وما يتعلق بالقرآن الكريم وعلومه ورجاله. وأشار البيان إلي أن الأزهر في جلسة استماع علنية لهذه اللجنة، ولأعضاء المجلس والمواطنين، أعلن أنه لا يوافق على كثير من هذه التعديلات التي تجرد الأزهر من مكانته المرجعية التي اكتسبها على مدى ألف عام، في مصر والعالم الإسلامي، وتحوله إلى مجرد مدرسة دينية تعليمية، بل يسبب فراغا تشريعيا، وفوضى فكرية يحرص الأزهر - بفكره الوسطي - على تجنيب مصر خطرها، كما انه من المستغرب أن تظهر هذه الأفكار التي تحجم المؤسسة الدينية الأولى على مستوى العالم الإسلامي، بعد ثورة الخامس والعشرين من يناير، وبعد استعادة الأزهر الشريف لدوره التقليدي في العالم الإسلامي، وعلى الساحة الوطنية المصرية. وكان عضو مجلس الشعب على قطامش قد تقدم بمشروع قانون لتطوير الأزهر مقترحا به إلا يكون الأزهر هو المرجعية الوحيدة للمؤسسة الدينية في مصر والعالم الإسلامي.