أثار سفر أكثر من 300 قبطي مسيحي، في رحلات حج إلى مدينة القدس بعد رحيل البابا شنودة ردود فعل متباينة بين الكنائس المصرية، بين الرفض والقبول.
ورأت بعض الكنائس أن قرار البابا شنودة الراحل، كان سياسيا بالدرجة الأولى وليس دينيا إلا أنه يحترم باعتباره قرارا وطنيا أكسبه احترام الجميع.
وأكد القائم مقام البطريرك الأنبا باخوميوس، في بيان أصدرته الكنيسة الأرثوذكسية أن جميع القرارات التي أصدرها البابا شنودة لم ولن يتم تغييرها.
وقال البيان إن المجمع المقدس والمجلس الملي العام وهيئة الأوقاف، اتخذوا قرارا بالإبقاء على جميع قرارت البابا شنودة، وأهمها قراره بشأن عدم زيارة القدس بفلسطين، مشيرا إلى أن الكنيسة تؤكد على موقفها الوطني الداعم للقضية الفلسطينية.
من جانبه قال نائب رئيس الطائفة الإنجلية القس الدكتور اندريه زكى ، إن موقف الطائفة واضح ومعروف بعدم السفر إلى القدس فى ظل استمرار الاحتلال الإسرائيلي.
أضاف القس اندريه إن الذين سافروا ضمن رحلات للقدس، مواقفهم فردية والكنيسة لا تتدخل فى الحرية الشخصية للأفراد.
وفيما يتعلق برؤية الكنيسة الكاثوليكية، ذكر النائب البطريركي للأقباط الكاثوليك، الدكتور الأنبا يوحنا قلته، أنه لا يوجد دخل للبابا شنودة في زيارة الأقباط للقدس من عدمه، حيث لا توجد فريضة الحج للقدس، موضحا أن قرار البابا شنوده سياسيا وليس دينيا، والكنيسة لا تتدخل فى الحرية الشخصية للأفراد.
وذكر الأنبا يوحنا " الفلسطنيون أنفسهم يطالبون باستمرار زيادة الوفود العربية إلى القدس، وهم أصحاب الأرض وهذه وجهه نظر نحترمها".
وأبدى اعتقاده بأن من يقومون بزيارة القدس وزيارة الأماكن التي تنقل فيها السيد المسيح يأتي بدافع عاطفة دينية.
وذهب أسقف حلوان والمعصرة الأنبا بسنتى إلى أن من سافروا إلى القدس للاحتفال بأعياد القيامة تنتظرهم عقوبة الحرمان فى سر التناول من الأسرار المقدسة، نتيجة عدم الالتزام بتوصيات قداسة البابا شنوده.
بينما نبه رئيس منظمة الإتحاد المصري لحقوق الإنسان المستشار نجيب جبرائيل، أن الكنيسة المصرية، "وطنية"، ولن تتراجع عن خطر زيارة الأقباط للقدس، طالما بقى السبب موجودا، وأن قرار الحظر الذي أصدره قداسة البابا شنوده لازال قائما ولا يمكن التراجع عنه طالما بقي الاحتلال الإسرائيلي لمدينة القدس التي تتواجد بها كنيسة القيامة، فضلا عن أن مشكلة القدس لم يتم تسويتها حتى الآن .
وشدد على أن "الذين سافروا للقدس سيتحملون وزرهم وأن التوقيت غير مناسب على الإطلاق، خاصة أن الكنيسة تمر بمرحلة حزن ، وأن ملف القدس سيكون ملفا جديدا ضمن الملفات التى سوف تلقى على كاهل البابا الجديد".
ويرى مطران الكنيسة الأسقفية بمصر وشمال إفريقيا والقرن الإفريقي، د. منير حنا أنيس، أن الذهاب إلى القدس يعنى التطبيع مع إسرائيل، "ونحن لا نشجع على هذا في ظل الممارسات الظالمة ضد الشعب الفلسطيني التي أدت إلى هجرة 80% من مسيحيي الضفه الغربية" .