حصلت كلية الزراعة بجامعة أسيوط علي شهادة الهيئة القومية لضمان الجودة والاعتماد لتصبح أول كلية للزراعة على مستوى الجامعات المصرية تحصل على شهادة الاعتماد والجودة. كما أنها سادس كلية بجامعة أسيوط تحصل علي الاعتماد الأكاديمي بعد كليات العلوم، الهندسة ، الطب البيطري ،الطب البشرى والصيدلة , وقد أوضح الدكتور محمد عبد الوهاب أبو نحول عميد الكلية أن الكلية اتخذت عدة خطوات جادة للوصول إلى التأهيل للاعتماد بدأ فى الفترة من 2002- 2007 من خلال الحصول على مشروع QUAP والذى يهدف إلى توصيف البرامج بالكلية الخاصة بالمقررات الدراسية بالكلية طبقاً للائحة 94 والتي تضمنت 15 برنامج وانتهى العمل بقرار إنشاء وحدة ضمان الجودة بالكلية. وتلى ذلك العمل بمشروع التطوير المستمر والتأهيل للإعتماد «IQAP حيث تضمن إبرام تعاقد بين الكلية والمشروع بتمويل إجمالي يبلغ 9.8 مليون جنيه , ساهمت فيه الجامعة بمبلغ 1.1 مليون جنيه , وإدارة المشروعات بالوزارة بحوالي 8.7 مليون جنيه . وفي يونيو 2009 وتقدمت الكلية لطلب زيارة تمهيدية من الهيئة للاستفادة من الدعم الفني الذي يمكن أن تقدمه , وفي إطار الاستعداد لزيارة فريق المراجعين من قبل الهيئة القومية بالمستندات اللازمة والأوراق المطلوبة للدراسة الذاتية والتقرير السنوي وخطة التحسين والتوزيع لعدد 15 برنامج بكالوريوس , 16 برنامج ماجستير , و 16 برنامج دكتوراه ، وفى إبريل 2014 قامت الهيئة بالزيارة النهائية لفريق المراجعين والتي على أثرها صدر القرار باعتماد كلية الزراعة من قبل الهيئة . وأكد عميد الكلية على أن قرارالاعتماد من شأنه الارتقاء بنوعية الخدمات التى تقدمها الكلية للمجتمع وتعزيز مكانتها ودعم ثقة الدول ببرامجها وبمستوى الخريجين وكذلك زيادة الدعم المالي المقدم لها لتحقيق مزيد من التطوير والتقدم العلمي.