بدأت المناوشات بين دول حوض النيل خاصة بين مصر وتنزانيا، عقب صدور تصريحات لوزير الثروة المائية التنزانى فى فبراير 2004، قال فيها: إن بلاده ترغب فى تزويدها بمياه بحيرة فيكتوريا عبر أنابيب تمتد بنحو 170 كيلومترا لتوصيلها إلى نحو 24 قرية وأجزاء واسعة فى الشمال الغربى لبلاده تتعرض -كما قال- لأزمة المياه والجفاف، الأمر المتوقع أن ترفضه مصر والسودان باعتبارهما من دول المصب لنهر النيل، لأنه سيؤثر فى حصتيهما من المياه . وزاد الوزير التنزانى الأزمة اشتعالا بقوله: إن الاتفاقيات المائية المبرمة فى عهد الاستعمار (يقصد اتفاق 1929 بين مصر وبريطانيا لتنظيم استفادة مصر من بحيرة فيكتوريا) التى تعطى الحق لمصر فى أن توافق أو لا توافق على أى مشروع يقترحه أى طرف من أطراف دول حوض النيل للاستفادة من المياه، "لا تلزم بلاده"، وإنها لن تلتزم بهذا الاتفاق، وستمضى قدما فى إنشاء مشاريعها دون استشارة مصر، فى إشارة إلى أن المشروع سيبدأ مارس 2004 لينتهى العمل فيه عام 2005 بتكاليف 7807 ملايين دولار. ورغم هذه التصريحات، ظل التعامل المصرى مع ذلك هادئا، حيث تمت الموافقة على مذكرة وزير الموارد المائية المصرى حول تقديم كل العون والتنسيق مع دول حوض النيل، سواء داخل المبادرة أو خارجها فى مجال التدريب أو تبادل الخبراء، والمساعدة فى إيجاد التمويل اللازم للمشروعات التى تعود بالفائدة على دول الحوض، وذلك "فى إطار احترام حقوق حصص المياه التى حددتها الاتفاقيات القائمة". كما تقرر أن يقوم وزير الموارد المائية المصرى، محمود أبو زيد، فى مارس 2004 بجولة فى أوغندا وكينيا وبوروندى. ثم أخذت الأزمة فى التطور فى مايو 2009، عندما عقد اجتماع وزارى لدول حوض النيل فى كينشاسا، الكونغو الديموقراطية، لبحث الإطار القانونى والمؤسسى لمياه النيل، ورفضت مصر توقيع الاتفاقية بدون وجود بند صريح يحافظ على حقوقها التاريخية فى مياه النيل . وفى يوليو 2009، عقد اجتماع طارئ لوزراء خارجية دول حوض النيل بالإسكندرية فى مصر. وفى بداية الجلسات، صدرت تحذيرات باستبعاد دول المصب (مصر والسودان) من توقيع الاتفاقية، ثم أعطيت مهلة 6 أشهر للدولتين. فى الوقت الذى حذرت فيه الإدارة المصرية -على لسان المتحدث الرسمى باسم رئاسة الجمهورية- من خطورة الاندفاع وراء ادعاءات زائفة لا أساس لها من الصحة تروجها أيد خفية فى بعض دول المنبع، تدعى زورا معارضة مصر لجهود ومشرعات التنمية بهذه الدول، فإن مصر كانت وستظل الداعم الرئيسى والشقيقة الكبرى لدول حوض النيل. وردا على ذلك، تطالب مصر بالالتزام بمبدأ التشاور والإخطار المسبق فى حالة إقامة أية منشآت مائية، بغية ضمان عدم الإضرار بمصالحها القومية، وهو ما ينص عليه القانون الدولى من حيث التزام دول المنبع بعدم إحداث ضرر لدول المصب، وأن يتم ذلك بالتشاور والإخطار المسبق.إن مصر لا تمانع فى إقامة أية مشروعات تنموية فى دول أعالى النيل بما لا يؤثر أو يضر بحقوقها القانونية والتزاماتها المالية. ذلك أن المشكلة لا تتعلق بندرة المياه، فهناك وفرة فى مصادر المياه لدى دول المنبع، وإنما تكمن المشكلة فى أسلوب الإدارة وتحقيق الاستغلال الأمثل، وهو ما تسعى مصر لتحقيقه فى إطار مبادرة دول حوض النيل. وفى هذا السياق، رحبت الحكومة المصرية بالبيان الصادر عن المنظمات والمؤسسات والدول المانحة لمبادرة حوض النيل، والذى عممه البنك الدولى أخيرا على دول الحوض، محذرا فى الوقت ذاته من تداعيات قيام دول المنبع بالتوقيع منفردة على اتفاق إطارى للتعاون بين دول حوض النيل، بدون انضمام دولتى المصب، مصر والسودان. وفى إطار التصعيد الواضح للأزمة، عملت مصر على إتباع استراتيجية التعاون والتهدئة مع دول الحوض، والسعى لمساندة هذه الدول فى زيادة مواردها المائية وتنمية مشروعاتها الزراعية (بدون تأثير فى حصة مصر)، كما حدث مع أوغندا بمساعدتها عام 1949 فى إنشاء قناطر شلالات أوين لتوليد الكهرباء من بحيرة فيكتوريا ثم تعليتها عام 1991. بيد أن تصاعد التهديدات من جانب كينيا وتنزانيا وأثيوبيا بتنفيذ مشاريع مستقلة على مجرى النيل، وبدء بعضها ذلك بالفعل، أعاد فتح الملف مرة أخرى، وسط مخاوف من أن تبدأ حروب المياه من حوض النيل . وإزدادت الأزمة اشتعالا فى أبريل 2010، عندما عقدت ست دول وهم كل من "بوروندى، وأثيوبيا، وكينيا، ورواندا، وتنزانيا، وأوغندا "، إتفاقا في مدينة عنتيبي الأوغندية بالتوقيع على معاهدة جديدة لاقتسام موارد النيل ، ومنحت مصر والسودان مهلة عاما واحدا للإنضمام إلى المعاهدة. وتنص "إتفاقية عنتيبي" على أن التعاون بين دول مبادرة حوض النيل يعتمد على الاستخدام المنصف والمعقول للدول. لكن مصر والسودان -أكبر المستهلكين لمياه النهر - رفضتا الإتفاق، واشترطت مصر عدم المساس بحصتها التاريخية فى مياه نهر النيل، والنص فى الاتفاق الجديد على حق مصر فى رفض إقامة أية مشروعات على النيل، من شأنها الإضرار بحصة مصر . وفى أثناء هذا التصعيد، كان هناك تراجعا واضحا للدور المصرى فى إدارة هذه الأزمة وأصيب بخلل واضح فى الأداء، وترك الملعب خاليا فى الساحة الإفريقية وإنسحب منها، مما قدم الفرصة على طبق من ذهب لإسرائيل لتلعب منفردة. وبعد اشتعال الأزمة، قام جهاز الأمن القومى بتوضيح مخاطر وأطماع إسرائيل فى المنطقة، التى تحاول التأثير فى حصة مياه النيل الواردة لمصر وبدرجة أقل السودان، وذلك كورقة ضغط على مصر للتسليم فى النهاية بما تطلبه إسرائيل.