دشن مجلس للكنائس المصرية في اجتماع ضم رؤساء الكنائس الخمس، بعد حلم ظل لسنوات طويلة بإنشاء كيان يجمع الكنائس في مصر. ولقيت فكرة تدشين المجلس فرحة رؤساء الكنائس المصرية الخمس الذين شاركوا فى الاجتماع بالكاتدرائية المرقسية وهم البابا الأنبا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، ورئيس الطائفة الانجيلية القس د.صفوت البياضي، والأنبا إبراهيم اسحق مطران بابا الكنيسة الكاثوليكية، والبابا البطريك ثيودوروس الثاني مطران كنيسة الروم الأرثوذكس والمطران د.منير حنا مطران الكنيسة الأسقفية بمصر والشرق الأوسط والقرن الأفريقي. ورأس الاجتماع البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الذي قدم الشكر لله على تحقيق هذا الحلم الذي يحقق فكرة الوحدة بين الكنائس والتي بدأت منذ سنوات، وهو حلم مبني على المحبة والمودة الأخوية، وأعرب البابا عن أمنيته في امتداد الخدمة والمحبة إلى الرعية من أبناء الكنائس وذلك مع احترام كل كنيسة لخصوصية الأخرى. وأعرب رئيس الطائفة الإنجيلية القس صفوت البياضي، عن فرحته قائلا إنه مهما كانت المشاكل والعقبات فيمكن حلها، واعتبر المطران إبراهيم اسحاق بطريرك الكاثوليك أن المبادرة جميلة ولكن ستقابلها تحديات من الداخل والخارج، فالتنوع يجب أن يتحول إلى غنى وليس صراع، مشيرا إلى أن الوحدة مبنية على محبة مثمرة ومتواضعة تفضل الآخر عن النفس. وأعرب المطران نيقولا المتحدث الإعلامي لكنيسة الروم الأرثوذكس عن سعادته بتواجد كل الكنائس على مائدة واحدة وقال إنها جاءت استجابة لصلوات كثيرة رفعت، مؤكدا أنه مع الوقت سيكون التعارف أكثر والرواسب التاريخية تبدأ في التفكك. واعتبر د.منير حنا مطران الكنيسة الأسقفية بمصر والشرق الاوسط والقرن الافريقى أن هذا اللقاء تاريخي وان تنوع أعضاء الجسد لازم وضروى للجسد، مطالبا بالصلاة من أجل حماية المجلس ومن أجلة وحدته. وقال الأنبا بيشوي مطران دمياط وتوابعها إن إنشاء مجلس كنائس مصر ليس له أي أبعاد سياسية ولن يلغى الحوارات اللاهوتية والمسكونية فستظل قائمة، وسيسعى المجلس للحوار والتواصل بين الكنائس المصرية مع الحفاظ على خصوصية كل كنيسة في لوائحها الداخلية والتنظيمية. وأكد أن هناك مجلس كنائس في عدة بلدان مثل لبنان والسودان، قائلا "لذلك فكرنا في إنشاء مجلس يضم كنائس مصر لسهولة التواصل بيننا فنحن نتقابل على المستوى الدولى والإقليمى فلماذا لا نتقابل على المستوى المحلي". وقال رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان المستشار نجيب جبرائيل إن مجلس الكنائس المصرية ستكون رئاستة لمدة ثلاثة سنوات بالتناوب بين رؤساء الكنائس وأمانتها وأنه ليس له أي غرض سياسي، وإنما يعزز قيم الحوار سواء بين الكنائس المختلفة أو بين الكنائس المصرية ومشيخة الأزهر والحوار الإسلامي المسيحي. وأضاف أن هذا المجلس لن يكون بديلا عن مجلس كنائس الشرق الأوسط وإنما يختص فقط بالكنائس المصرية، كما أن لائحته لا تتدخل مطلقا في خصوصية وقوانين وتقاليد الكنائس الأعضاء به. يذكر أن فكرة إنشاء مجلس كنائس مصر تعود إلى عهد مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث، وتناقش فيه مع رؤساء الكنائس، وأعلن عنه في لقاءه الأسبوعي بالكاتدرائية المرقسية مساء الأربعاء الموافق 15 فبراير 2012م قبيل وفاته بقليل.