قال البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية إن الدكتور محمد بديع مرشد جماعة الإخوان المسلمين قام بإرسال خطاب تهنئة بسلامة الوصول, وكان الخطاب يحتوي علي عبارات إنسانية عاطفية. فقمت بالرد عليه بالاتصال الهاتفي, لأني لم أعرف له عنوانا لكي أرسل له خطابا.. وهذا الكلام هو الذي حدث بيننا لا أكثر ولا أقل. وطالب البابا شنودة الكهنة وقيادات الكنيسة بعمل دراسة لزيادة رواتب جميع العاملين في الكنيسة وفي جميع المؤسسات التابعة لها حتي يتماشي مع ارتفاع الأسعار, قائلا: يجب أن نكون رحماء بأولادنا قبل أن تطلب منا الحكومة زيادة الرواتب. جاء ذلك في أول عظة أسبوعية للبابا شنودة عقب ثورة25 يناير.. وقال البابا إن بعض الصحف نشرت تصريحات منسوبة لي بأني طلبت من كبار المسئولين في الدولة أشياء, وهذا لم يحدث ولم أطلب من أحد أي شيء. وأضاف أني لم أتسلم أي قرار ببناء كنيسة مغاغة بمحافظة المنيا.. وما نشر في الصحف غير صحيح. وقالت إحدي زوجات الكهنة في رسالة إلي البابا إن زوجها مخلص جدا في شغله والخدمة, ولكنه فاشل في منزله.. وقال البابا: يجب أن يكون الكاهن مهتم بزوجته وبيته مثل اهتمامه بالخدمة, لأن رعاية البيت جزء من الخدمة. وقالت أخري إن زوجها مدمن كرة قدم وإذا خسر فريق الزمالك المباراة يقوم بالتنكيد عليها.. فقال البابا: انتي كمان شجعي كرة القدم وفريق الزمالك. ورفض البابا شنودة في عظته الأسبوعية الرد علي أي أسئلة لها طابع سياسي, قائلا: جاءت لي العديد من الرسائل بها أسئلة سياسية, وأنا مش عاوز أدخل في الموضوعات دي دلوقتي. حضر العظة الأسبوعية الآلاف من المواطنين الأقباط وقاموا بالهتاف والزغاريد والتصفيق قبل بدء العظة ترحيبا بعودة البابا شنودة.