قال دفاع المتهمين قضية "خلية الظواهرى" إن الأحرار المنسوبة إلى المتهمين، وفى مقدمتهم المتهم"عمر زكريا" تعرضت للتلاعب. وشدد الدفاع على عدم صلة المتهم بالأسلحة التي ذكر مجرى الضبط بأنها ضبطت بحوزته، مطالبًا هيئة محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمي، ببراءة المتهم مما نُسب إليه من اتهامات بالدعوى. وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة.