أوصت لجنة تقصي حقائق 30 يونيو بإصدار تشريع لبناء الكنائس امتثالا لدستور 2014 ، والالتزام بتطبيق مبدأ تكافؤ الفرص، ومنع التمييز بكل أشكاله، وتطوير منظومة الوعي التي تشمل الإعلام و التعليم والثقافة العامة، فضلاً عن الخطاب الديني وذلك لنبذ خطاب الكراهية والتعصب. وطالبت - في تقريرها النهائي اليوم الأربعاء - بإعادة النظر في نظام المجالس العرفية الحالية التي لا تخل فقط بسيادة القانون وسلطة القضاء فحسب بل بسيادة الدولة ذاتها وحظر أي قرار ينطوي على عقاب جماعي. كما أوصت اللجنة بالتصدي للحيل القانونية بالتحول الصوري عن الديانة، وناشدت القضاء سرعة البت في القضايا الطائفية ، ومطالبة الجهات الأمنية بمواجهة زيادة حالات الخطف في بعض المراكز طلباً للفدية. وأوضحت اللجنة أن حرق الكنائس والاعتداء على المسيحيين وممتلكاتهم تعد واحدة من أسوأ الأحداث التي شهدتها البلاد في أعقاب فض تجمعي رابعة و النهضة تلك الهجمات التي شنتها جماعة الإخوان المسلمين ومؤازريها على المواطنين المسيحيين وكنائسهم وممتلكاتهم، وامتدت إلى إحدى وعشرين محافظة وذلك في ضوء الخطاب التحريضي ضد الأقباط، وقد طالت تلك الاعتداءات الكنائس الثلاثة الأرثوذكسية و الكاثوليكية والإنجيلية. وكشف التقرير أن نتائج الاعتداءات أسفرت عن حرق 52 كنيسة و منشأة كنسية كليا و جزئيا، والاعتداء على 12 كنيسة ومنشأة أخرى وسلب و نهب محتوياتها ، بالإضافة إلى وقوع حالات من الخطف والاختفاء القسري معظمها بغرض الحصول على فدية، (وفي بعض الحالات كان الخاطف والمخطوف من المسيحيين). وأشارت وزارة الداخلية أن حالات الغياب والاختطاف تزايدت بعد ثورة 25 يناير 2011 في مختلف المحافظات، وإجمالي الحالات الخاصة بالمسيحيين 140 حالة غياب وخطف، عاد منهم 96 حالة، وبلغت حالات الإعتداء على ممتلكات المسيحيين (402) حالة موزعة على المحافظات المختلفة ، وأشدها يقع في محافظة المنيا(281 حالة )، ووثقت اللجنة( 29)حالة قتل في سياق العنف الطائفي. وأكدت لجنة تقصي حقائق 30 يونيو أن خطورة هذه الجرائم لا تكمن في حجم ما طالته من ضحايا وما خربته من ممتلكات فحسب، ولكن تكمن أيضاً في مستهدفاتها وهي إشعال الفتنة الطائفية، وتقويض الوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، كما تكمن الخطورة في نمط ارتكاب هذه الجرائم الذي بلغ حد التمثيل بالجثث، ومن ثم كانت هناك ضرورة ملحة لنبذ خطاب التحريض والكراهية والتأكيد على المواطنة ومنع التمييز.