أكد الدكتور سعد الدين إبراهيم، رئيس مركز ابن خلدون للدراسات الاستراتيجية في مصر ومنسق عام الحركة الوطنية المصرية، أن سبب عدم اختياره في لجنة الخمسين لتعديل الدستور المصري يرجع لأجهزة ما سماها ب"الدولة العميقة أو الأجهزة المخابراتية والمباحثية". وأضاف: "إن كان لدى هذه الأجهزة ملف لك من أيام سيدنا نوح فإن هذا الملف لا يختفي أبدًا"، مؤكدًا أنه لا يشعر بأي ندم لوساطته بين جماعة الإخوان المسلمين والغرب. جاء ذلك خلال لقاء إبراهيم مع برنامج "نقطة نظام"، على قناة "العربية"، ويذاع في وقت لاحق اليوم الجمعة. وبينما وافق إبراهيم على أن ثورتي 25 يناير و30 يونيو من المفترض أن تقضيا على الدولة العميقة أو تحدا من نفوذها، إلا أنه رأى أن الأنظمة عندما تسقط من جراء ثورات يظل جزء من أنقاضها قائمًا، على حد قوله. وبسؤاله عن إمكانية انتخاب مسيحي رئيسًا لمصر، قال إبراهيم إنه لا يتوقع أن ينتخب الشعب المصري مسيحيًا رئيسًا للجمهورية، ولكن من حق كل المصريين بمن فيهم المسيحيون الترشح للرئاسة، مضيفًا أنه يظل من الممكن أن تظهر شخصية مسيحية تتمتع بشعبية واضحة، مؤكدًا: "لدينا شخصيات مسيحية لها قبول شعبي كبير". ودعا إبراهيم إلى العفو عن الرئيس المعزول محمد مرسي وقيادات الإخوان، وكذلك الرئيس الأسبق حسني مبارك وقيادات الحزب الوطني، ولكن يشترط ألا يتم هذا العفو إلا بعد محاكمات نزيهة وعادلة وشفافة وصدور الأحكام. وأضاف: "نريد أن نطوي صفحة الماضي ونتجه إلى المستقبل". ورأى الدكتور إبراهيم أن الفريق أول عبدالفتاح السيسي، وزير الدفاع المصري، قد يترشح للرئاسة تحت ضغوط شعبيه لحثه على ذلك. ورجح إبراهيم الفريق أحمد شفيق للترشح للرئاسة إذا لم يفعل السيسي. ولم يعرب إبراهيم عن أي ندم على تلبيته طلب شخصيات إخوانية منه أثناء وجوده في السجن معهم ترتيب لقاءت للإخوان بكل الدبلوماسيين الغربيين في القاهرة، وقال إنه رتب لهم 3 لقاءات مع مجموعة الدبلوماسيين الغربيين في القاهرة في النادي السويسري في حي إمبابة الشعبي. ومن ناحية أخرى، أكد أن حزب "النور" السلفي طلب منه فتح قناة اتصال لهم بالأميركيين وقد فعل ذلك، مؤكدًا أنه سمع وإن لم يكن شاهدًا مباشرًا بأن عناصر من حزب "النور" وعناصر من الإدارة الأمريكية التقوا في واشنطن ونيويورك وأوروبا ولكنه لا يستطيع تأكيد ذلك. وقال إبراهيم إنه ولأول مرة في تاريخ الإخوان يتم لفظهم ومطاردتهم ليس من جانب الحكومة والنظام ولكن من قبل المجتمع المصري بأغلبيته. وأضاف: "الإخوان وعلى مدى تاريخهم الذي يمتد 80 عامًا كانوا يصطدمون بالنظام الحاكم أو الحكومة، أما الآن فهم يصطدمون بالشعب المصري كله". وطالب إبراهيم بتخصيص كوتة بنسبة 15% للأقباط في المجالس المنتخبة والمجالس القومية المعينة، كما طالب كذلك بنسبة 40% للشباب و50% للمرأة. واشترط أن تطبق هذه الكوتة لثلاث دورات برلمانية يعتاد بعدها المصريون على رؤية الأقباط والشباب والنساء يتنافسون وبالتالي يقبلون هذه الشرائح التي كانت محرومة تاريخيًا من تمثيل عادل ومنصف لها. ووضع ذلك كله في إطار ما يسمى التمييز الإيجابي الذي عرفته دول عديدة وأهمها الولاياتالمتحدة في تعاطيها مع قضية الزنوج.