أكد مسئول عسكري رفيع المستوى في وقت مبكر من صباح الخميس لوكالة فرانس برس أن الجيش المصري يحتجز محمد مرسي وهو ما أعلنه في وقت سابق مسئول من الإخوان المسلمين الذين ينتمي إليهم الرئيس المخلوع. وصرح المسؤول الذي رفض الكشف عن هويته أن مرسي "محتجز بصورة وقائية"، ملمحا إلى إمكان توجيه اتهامات ضده. ومساء الأربعاء أطاح الرئيس الاسلامي وأعلن تولي رئيس المحكمة الدستورية العليا إدارة البلاد مؤقتا إلى حين اجراء انتخابات رئاسية مبكرة مما اثار فرحة عارمة بين مئات الالاف من المصريين المحتشدين في الشوارع. وكان جهاد الحداد المسؤول في الإخوان المسلمين أعلن في وقت سابق أن مرسي وفريقه معتقلون في مبنى عسكري وأن "مرسي فصل عن فريقه ونقل إلى وزارة الدفاع". وكان الحداد صرح أن "مرسي وجميع الفريق الرئاسي هم في الاقامة الجبرية في نادي الحرس الجمهوري". وذكرت صحيفة الأهرام في عددها لليوم الخميس أن قوات الأمن المصري امرت باعتقال 300 عضو من الاخوان المسلمين. وكان مصدر أمني مصري أعلن أن قوات الأمن اعتقلت ليل الأربعاء الخميس رئيس حزب الحرية والعدالة (اخوان مسلمون) سعد الكتاتني ونائب المرشد العام للاخوان المسلمين رشاد البيومي. كما أوقفت قوات الأمن بث قناة التلفزيون التابعة للاخوان المسلمين وقامت بتفتيش مكاتب قناة "الجزيرة مباشر" التي بثت تسجيل فيديو لمرسي.