أصدر المجلس الأعلى للآثار بياناً بشأن ما أثير ببعض المواقع الإلكترونية وتناقلته وكالات الأنباء حول اختفاء خمس قطع أثرية هامة من المتحف القبطي، أعلن فيه أن تلك الحادثة قد حدثت منذ نحو 3 سنوات، وأنه تم اكتشافها من خلال اللجان الفنية بالمجلس الأعلى للآثار، التي كانت تتسلم عهدة المدير السابق للمتحف القبطي "فيليب فلتس" عند بلوغه سن التقاعد، وهو إجراء روتيني يتم اتخاذه لجميع أمناء المتاحف عند خروجهم على المعاش. وأوضح الدكتور زاهي حواس الأمين العام للمجلس، أن هذه القطع هي عهدة قديمة تعود لأكثر من ثلاثين عاما،ً حيث تبين عدم العثور على خمس قطع أثرية وهى عبارة عن: جزء من كرسي على شكل صليب عليه نقوش، وشمعدان من النحاس، ومسرجة بغطاء على شكل وجه آدمي، ومبخرة من البرونز بحالة سيئة وفاقدة أجزاء طبقاً للوصف في السجلات، أما القطعة الأخيرة فهي عملة من البرونز ترجع للعصر البيزنطي بقطر 2 سم. وقد قام الأمين العام فور إخطاره بإحالة الموضوع بالكامل للتحقيق ثم إلى النيابة العامة فور اكتشافه تلك الواقعة في 28 من سبتمبر 2008، ولقد انتهت اللجنة التي شكلها المجلس الأعلى للآثار بناء على طلب النيابة من أعمالها، وقدمت تقريراً يؤكد اختفاء القطع الخمس من عهدة مدير المتحف السابق.