أوضح فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الشريف أن ماذكره بابا الفاتيكان بشأن اضطهاد المسيحيين فى الشرق، قد أزعج المسلمين جميعا والأزهر خاصة، حيث تم تفسير ذلك القول من البابا بأن المسلمين يضطهدون المسيحيين فى الشرق ومصر، وهذا غير صحيح. أضاف الطيب أن الأزهر لم يتلق أى توضيح من الفاتيكان، أو أى ممثل عنها ولم نتلق أى خطاب يوضح ذلك التصريح من البابا، لذلك جاء قرار الأزهر بتجميد الحوار. وقد أكد شيخ الأزهر حرص الأزهر التام على الحوار البناء القائم على الاحترام المتبادل مع أتباع الديانات السماوية، وأن الأزهر يوجه رسالة إخاء وسلام إلى الفاتيكان، وينتظر رسالة مقابلة. وقال الطيب - فى تصريح له عقب لقائه مع الرئيس اللبنانى الأسبق أمين الجميل بمقر مشيخة الأزهر اليوم السبت – إن قرار الأزهر بتجميد الحوار مع الفاتيكان جاء لرغبة الأزهر في ضرورة أن يكون الحوار بين الجانبين، على أساس من الاحترام المتبادل بين الجانبين ولعدم تلقى الأزهر أى إيماءات من الفاتيكان لتوضيح تصريحات بابا الفاتيكان، بطلب الحماية للمسيحيين فى الشرق ومصر، وهو ما أزعج مصر والأزهر. استعرض شيخ الأزهر المحاولات التى قام بها شخصيا لتوضيح الصورة أمام الفاتيكان، بكتابة مقالات بصحيفة إيطالية وإصدار بيانات، غير أن الفاتيكان لم يوضح حقيقة موقفه، وقال إن الأزهر انتظر خطوة إيجابية من الفاتيكان ولكننا فوجئنا بمواقف أكثر تشددا.