أكد الدكتور سمير مرقص، مساعد رئيس الجمهورية السابق، أنه يوجد نوعان من المشاكل فيما يتعلق بالشأن القبطى أولها مشاكل ذات طبيعة دينية وهى بناء الكنائس والأوقاف والنوع الثانى قضايا ذات طبيعة مدنية من خلال منع الأقباط من الترقيات أو الوصول إلى المناصب العامة. جاء ذلك خلال اجتماع لجنة الدفاع والأمن القومى بمجلس الشورى لاستكمال مناقشة أحداث الخصوص والكاتدرائية. وأوضح مرقص أن الثلاثين عاما الماضية وتحديدا منذ بداية السبعينات بدأت عمليات العنف المسلح بشكل مخطط ضد الأقباط والكنيسة من جماعات منظمة، ورافق ذلك خطابا دينيا اتسم بالعنف، وبذلت جهود شعبية وسياسية لحل هذه المشكلة، ولكن المشاكل بين طرفى المجتمع ازدادت ووقعت أحداث مثل الزاوية الحمراء فى عام 1981 وأحداث ديروط، والكشح بسوهاج فى عام 2000، مرورًا بأحداث امبابة وأطفيح وانتهاء بالخصوص والكاتدرائية وازداد السجال الدينى منذ انطلاق الفضائيات فى مصر عام 2004، وبدأت الشائعات تنتشر ما بين التحرش وزواج فتيات مسلمات من أقباط، بالإضافة إلى تحويل بعض المجمعات الخدمية إلى كنائس. من جانبه، قال الدكتور حنا جريس، المفكر القبطى، أن النظام السابق استخدم الأحداث الطائفية ونجح فى ذلك، وحاول ان يجعل من الاقباط كتله يستخدمها فى الصراع السياسى والانتخابات فالدولة فاعل اساسى فى القضية، وهى التى دفعت الاقباط ليصبحوا طائفة. وقال يجب أن نعترف أن لدينا مشكلة حقيقية أدت إلى تغيير جذرى فى العلاقة بين المسلمين والمسيحيين وشدد على أن التيار الإسلامى عليه أن يجد رؤية لمفهوم المواطنة والتفاعل الجاد بين عنصرى الأمة، وشدد جريس على رفض أى تدخل أجنبى فى مصر.