نفت الدكتورة باكينام الشرقاوي، مساعد رئيس الجمهورية للشئون السياسية، ما يسمى ب"أخونة" مؤسسات الدولة كما يزعم البعض، مشيرة إلى أن هذه "هواجس وموروثات ثقافية من مخلفات النظام البائد". وأوضحت الشرقاوي خلال حوار مع برنامج "الحياة اليوم"، المذاع على فضائية "الحياة"، أن أبناء جماعة الإخوان عانوا على مدى عقود من إقصاء ممنهج ومنعهم من الالتحاق بالكليات العسكرية والوظائف العامة، مشيرة إلى أن التعامل معهم على أنهم مواطنون عاديون واختيارهم في مواقع متقدمة إذا كانوا الأصلح لها لا يعني أخونة للدولة. ولفتت الشرقاوي إلى أنه لا يمكن عزل مرسي كرئيس للجمهورية عن حزب الحرية والعدالة وجماعة "الإخوان المسلمين"، موضحة أن أي رئيس للجمهورية في العالم يكن ممثلاً للحزب القادم منه. وأضافت : "ورغم ذلك فلا يوجد دلائل على تواجد إخواني طاغ في مؤسسة الرئاسة، وكذلك فإن عدد المنتمين للإخوان في الحكومة يعدوا على أصابع اليد"، منوهة إلى أنها ليست إخوانية ولا تدافع عن الإخوان. وأكدت باكينام أنها عند نقاش أي موضوع بمؤسسة الرئاسة فإن الأمانة العلمية تقضي بطرح جميع الرؤى السياسية المختلفة للقوى السياسية المختلفة بمن فيهم حزب الحرية والعدالة وجماعة "الإخوان المسلمين"، مؤكدة أنه لو شعرت بأنها غير مؤثرة في موقعها كمساعد لرئيس الجمهورية للشئون السياسية فإنها ستستقيل وتفسح المجال أمام الرئيس لاختيار شخص آخر قادر على معاونة الرئيس أفضل منها.