في أول لقاء له مع المشير حسين طنطاوي القائد العام رئيس المجلس الأعلي للقوات المسلحة بعد انتخابه رئيسا للجمهورية, قدم الدكتور محمد مرسي الرئيس المنتخب التحية والتقدير للقوات المسلحة علي إدارتها للعملية الانتخابية بمنتهي الشفافية. مما أخرجها في أزهي صور الديمقراطية وأتت بأول رئيس مدني للبلاد. وأكد الرئيس محمد مرسي خلال زيارته لمقر وزارة الدفاع بحضور الفريق سامي عنان رئيس أركان حرب القوات المسلحة, وعدد من أعضاء المجلس تقديره للمجلس الأعلي للقوات المسلحة في إدارته الحكيمة للبلاد خلال الفترة الانتقالية وللقوات المسلحة, التي حمت مصر من العديد من الأخطار, واحترمت الإرادة الشعبية للشعب المصري العظيم, ومن جانبه أكد المشير طنطاوي, أن القوات المسلحة منذ بداية الثورة حددت هدفها في حماية المصلحة العليا لليلاد, وإعلاء مبدأ الحرية للشعب المصري الذي ثار من أجل الكرامة وتحقيق العدالة. وأضاف ان القوات المسلحة كانت وستظل علي مسافة متساوية من جميع القوي, والتيارات السياسية, موضحا أنها ستقف مع الرئيس الشرعي المنتخب بإرادة الشعب, وستتعاون معه من أجل استقرار الوطن, وإعلاء سيادة القانون. وأضاف المشير طنطاوي أن مصر دولة عريقة, يمتد تاريخها عبر آلاف السنين, وأركانها راسخة بإرادة شعبها الحر الذي يقف دائما وراء رئيسه الشرعي, وجيشه الحامي أمام كل العقبات والظروف. وقدم أعضاء المجلس الأعلي للقوات المسلحة, التهنئة للرئيس محمد مرسي علي انتخابه كأول رئيس مدني منتخب للجمهورية الثانية, مؤكدين أن ذلك الاختيار هو الخطوة الأولي نحو الديمقراطية التي نسعي إليها جميعا.