تم انشاء قطاع النقل النهرى فى الخمسينيات وربط نهر النيل بميناء الاسكندرية عبر مجرى ملاحى جديد هو ترعة النوبارية المتفرعة من الرياح البحيري، وظل الاسطول النهرى فى حالة جيدة طوال الستينيات لكن بعد بناء السد العالى اختلف شكل النهر وتم اهمال منظومة النقل النهرى والاستثمار فيها رغم صدور القرار الجمهورى رقم 474 لسنة 1979 بانشاء الهيئة العامة للنقل النهرى بهدف رفع كفاءة هذا القطاع وقنواته الملاحية وتطويره مما يحقق الاستغلال الأمثل للنيل على اسس اقتصادية . من المنتظر انشاء 6 موانِ جديدة وتطوير الموانى القائمة باستثمار 180 مليون دولار لدعم دور النقل النهرى بين المحافظات واهمها قنا وسوهاج واسيوط وزيادة نصيب النقل النهرى فى نقل البضائع إلى 10% من حجم النقل داخل مصر خلال خمس سنوات بدلا من نصف بالمائة حاليا، وقد انتهت وزارة النقل من عمل خريطة ملاحية لنهر النيل تحدد المجرى الملاحى النهرى من الاسكندرية لاسوان بطول 1500 كيلومتر وعرض 100 متر وعمق 2و3 أمتار.