كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا مع المتهمين المنتمين لجماعة أنصار بيت المقدس عن العديد من المفاجآت، حيث توصلت التحقيقات لقيام المتهمين بإعداد مخطط لاغتيال اللواء محمد التهامى رئيس جهاز المخابرات العامة، وتفجير المعبد اليهودي، ودار الإشارة، ومبنى ماسبيرو، كما اعترف المتهمون بإعدادهم مخططا لاغتيال المستشار أحمد الزند رئيس نادى القضاة بمعاونة نجل أحد المستشارين، وأنهم اتخذوا شقة بمنطقة بولاق الدكرور لعقد اجتماعاتهم وبتفتيشها عثر على كمية كبيرة من الأسلحة . وكشفت التحقيقات التى أشرف عليها المستشار تامر الفرجانى المحامى العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، والمستشار خالد ضياء المحامى العام، عن علاقة حماس بجماعة أنصار بيت المقدس، وارتباط أيمن نوفل ورائد العطار القياديين بحماس وكتائب عز الدين القسام الجناح العسكرى للتنظيم الدولى للاخوان المسلمين بتنظيم أنصار بيت المقدس. كما أقر المتهم محمد السيد عربى فى اعترافاته أمام المستشارين أيمن بدوى ومحمد خاطر رئيسى النيابة، بقيامه بالتخطيط لاغتيال المستشار أحمد الزند رئيس نادى قضاة مصر ردا على مواقفه ضد مخطط جماعة الاخوان الإرهابية لأخونة القضاء المصري، وفجر مفاجأة مدوية باعترافاته عندما أكد أنه قام بمعاونة نجل أحد المستشارين برصد موقع النادى النهرى للقضاة وتمكنوا من التسلل إليه ووضعوا خطة لاغتيال «الزند» من خلال تفجير القاعة التى يعقد بها الاجتماعات بالنادى خلال وجوده بها. كما جاء باعترافات المتهم أحمد عزت يوسف شعبان، أن المتهم الثالث محمد بكرى محمد هارون كلفه برصد تحركات اللواء محمد فريد التهامى رئيس جهاز المخابرات العامة، وتمكنوا من متابعة تحركاته حيث كان يقوم بزيارة أحد أقاربه بأحد المستشفيات بصفه دورية، فقاموا بالتخطيط لادخال أحد الأشخاص لنفس المستشفي، تمهيدا لتنفيذ مخطط اغتيال «التهامى» إلا أنه تم ضبطهم قبل تمكنهم من التنفيذ. واعترف متهم آخر بالتخطيط لتفجير المعبد اليهودي، ومبنى ماسبيرو، وأكد باعترافاته أنه تمكن من التسلل إلى دار الإشارة التابعة للقوات المسلحة بمدينة نصر، عن طريق أحد المجندين بالدار، وتمكن من تحديد أفضل الأماكن التى يمكن وضع سيارة مفخخة بها لإحداث أكبر قدر ممكن من الدمار.
استهداف الضباط والأقباط وأقر المتهم الخامس هانى مصطفى أمين عامر محمود، وهو العقل المدبر لتنفيذ مخطط صنع غواصة لضرب قناة السويس، بقيامه والمتهم الرابع محمد أحمد نصر، بتأسيس خلية كتائب الفرقان، وتوليا إدارة جميع الخلايا العنقودية المتفرعة منها بكافة أنحاء الجمهورية، وأنها تعتنق أفكاراً تكفيرية تقوم على تكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه بدعوى عدم تطبيقه الشريعة الإسلامية، وتتولى تنفيذ أعمال عدائية ضد أفراد القوات المسلحة والشرطة والقضاء والإعلاميين والاعتداء على منشآتهم، والمنشآت العامة، واستباحة دماء الأقباط، واستحلال أموالهم وممتلكاتهم، ومشاركته فى عدد من العمليات التى تم تنفيذها ضد ضباط وأفراد الشرطة والقوات المسلحة، والأقباط. وأوضح أنه جمعته علاقة بالمتهم الرابع عقب انضمامهما لجماعة الإخوان، ومشاركتهما بالحملة الانتخابية ل«حازم صلاح أبوإسماعيل»، وأنهما استقطبا عددا من المتهمين لتأسيس الخلية وإعداد أعضائها للجهاد، وأنه قام مع عدد منهم بالتسلل لقطاع غزة، فى غضون شهر أبريل 2012، والتحقوا بمعسكرات تدريب كتائب عز الدين القسام، بمعرفة كل من أيمن نوفل ورائد العطار أعضاء كتائب عز الدين القسام، وأنهم تلقوا تدريبات فى التكتيكات العسكرية، والحركية، والاقتحام، وتطهير المباني، وقطع الشوارع، وحرب المدن والعصابات، وكيفية استخدام الأسلحة النارية والآلية بمختلف أنواعها وقذائف الهاون وإعداد المتفجرات، كما شاركوا بمناورتين عسكريتين بحضور الأخيرين، وفور عودتهم شكلوا هيكلاً تنظيمياً لكتائب الفرقان بزعامة المتهم الرابع، انبثق عنه العديد من الخلايا بعدة محافظات، الأولى أطلق عليها مجلس شورى الدعوة، والثانية بالعريش وتولى مسئوليتها المتهم الرابع، والثالثة بالإسماعيلية وتولى هو مسئوليتها، والرابعة بالجيزة وتولى مسئوليتها المتهم الخامس والسبعون بعد المائة، والخامسة بالمعادي. وأضاف المتهم أنه والمتهميْن الرابع، والخامس والسبعين بعد المائة أعدوا برنامجاً لتأهيل عناصر التنظيم فكرياً بتثقيفهم على تلك الأفكار التكفيرية وحركياً بإطلاعهم على كتيبات تتضمن سبل تلافى الملاحقات الأمنية وعسكرياً بتدريبهم على كيفية استخدام الأسلحة النارية بمنازل عدد من أعضاء التنظيم، وأن الخلية اعتمدت فى تمويلها على ما يمده بها كتائب عز الدين القسام من أسلحة وذخائر وأموال، حيث أمدوهم بمجموعة من البنادق الآلية، وقذائف (آر. بي. جي)، وقنابل يدوية، ومائة كيلو جرام من مادة (تي. إن. تي)، وصواعق للتفجير، وبندقية قنص، ومسدسين عيار 9 مم، ومبلغ مالى يقدر بنحو ثمانية وعشرين ألف دولار.
استهداف السفن بالقناة وأضاف أنه عقب عزل الرئيس السابق محمد مرسى اتفق والمتهم الرابع على استهداف منشآت القوات المسلحة لخلق حالة من عدم الاستقرار، واتفقا على استهداف إحدى السفن المارة بالمجرى الملاحى لقناة السويس، فقاما برصد مجرى القناة بمحافظة الإسماعيلية لتحديد نقاط الضعف، وقاموا فى غضون شهر أغسطس عام 2013 باستهداف إحدى السفن المارة بالقناة بقذيفة (آر. بي. جي)، وأضاف بارتكاب الخلية للعديد من العمليات العدائية بالبلاد بتكليف من المتهم الرابع، من بينها إطلاق قذيفتيْن صوب محطة الأقمار الصناعية بالمعادي، وعلى أثر ذلك قام المتهم الرابع بكتابة بيان بذلك ضمنه مشهداً مصوراً للواقعة ونشره على شبكة المعلومات الدولية. وفى إطار تمويل الخلية قام المتهم الرابع بتكليف عدد من المتهمين برصد سيارة خاصة بهيئة البريد تابعة لمكتب بريد بالقاهرة الجديدة، وسرقة الأموال منها، كما سرقوا سيارتين مملوكتين لقبطيين بالإكراه، فى غضون شهر نوفمبر 2013، لاستخدامهما فى التفجير. كما شرعوا فى تفجير مدرعتين بمنطقة رابعة العدوية الأولى بنطاق طيبة مول والثانية بالقرب من مسجد رابعة العدوية، حيث قام برصدهما المتهم الثانى والستون، وقام بتفخيخ سيارتين بأنابيب بوتاجاز تم خلط غازها بغاز الأوكسجين وجُهزت لتفجيرها عن بعد عن طريق الهاتف المحمول، كما قاموا باستهداف قسم شرطة مدينة نصر بسيارة مفخخة لتفجيرها عن بعد باستخدام هاتف محمول، ولم يتم التفجير لعيب فى العبوة المفجرة، كما استهدفوا محطة وقود وطنية بطريق القاهرةالسويس بسيارة مفخخة، وأيضا لم تتم العملية لعدم انفجار العبوة المتفجرة، وكذلك قاموا باستهداف مديرية أمن الإسماعيلية بقذيفة (آر . بى . جى). واعترف المتهم بوجود تنسيق وتعاون بين خلية كتائب الفرقان وجماعة أنصار بيت المقدس عقب أحداث 30 يونيو حيث تواصل المتهم الرابع مع مجلس شورى جماعة أنصار بيت المقدس ، وفى ذلك الإطار كلف المتهمُ الرابع بالتواصل مع المتهم السابع عقب فض اعتصام رابعة لترتيب لقاء يجمع بين المتهمين الأول والرابع اتفقا خلاله على ضرورة نقل العمليات خارج سيناء حتى يكون تأثيرها أكبر إعلاميا، وأن المتهم الأول التقى مسئول الإمداد بجماعة أنصار بيت المقدس، وأحاطه بعزمهم شراء عشرة صواريخ كاتيوشا قيمة الواحد منها ستة آلاف جنيه ، وقد تمكنوا من شراء تلك الصواريخ وتهريبها للبلاد عن طريق الحدود السودانية وأخفوها بمنطقة الصف بالجيزة ، ونقلت عقب ذلك لمخزن بمدينة الشرقية وتلفت على أثر الحريق الذى نشب بذلك المخزن. وفى سياق هذا التعاون بين خلية كتائب الفرقان وجماعة أنصار بيت المقدس نفذت الأخيرة أعمالا عدائية ضد أفراد ومهمات القوات المسلحة ذكر منها قتل كل من العقيد محمد الكومى، والنقيب خالد زكى، والملازم أول محمد عبد الكريم، والملازم أول أحمد إبراهيم ، ومساعد قوات مسلحة عطية عبده، واستهداف حافلة نقل دبابات، وتم تصوير تلك الأعمال لنشرها على شبكة المعلومات الدولية باسم وهمى وهو كتيبة النصرة التابعة لكتائب الفرقان. وأضاف أنه فى ذات الإطار رصد مع المتهمين الرابع والستين بعد المائة مدينة الإنتاج الإعلامى لبيان مداخلها ومخارجها، حيث صورها الأخير من الداخل فى حين تولى الآخران تصويرها من الخارج تمهيداً لإمداد جماعة أنصار بيت المقدس بما وقفوا عليه، إلا أن المتهم الأول طرح ما أمدوه به طالباً رصد المدينة بإشراف أعضاء بجماعته. وأضاف أن المتهم الرابع نقل للمتهم الأول فكرة تصنيع مواد متفجرة بخلط مادة نترات الأمونيوم بالبن، بدلاً من مادة تى . إن . تي، لعدم القدرة على توفير المادة الأخيرة ، كما تقابل مع المتهم التاسع وذكر له أنه ضابط سابق بالقوات المسلحة وأنه مسئول العمليات العسكرية بجماعة أنصار بيت المقدس. وأنهى اعترافاته بأنه طلب من المتهم الرابع تأسيس إدارة تصنيع وتطوير مواد مفجرة يتولى المتهم مسئوليتها، وفى إطارها حاول تصنيع عبوة مفجرة عبارة عن أنبوبة بوتاجاز فارغة قام بملئها بغاز الأوكسجين والغاز الطبيعى، وقام بتجربتها وهو المتهم الحادى والستون بعد المائة بأرض فضاء خلف جمعية العاشر بالإسماعيلية ولم تنتج سوى لهب شديد بلا موجة انفجارية.