تباينت ردود أفعال منظمات المجتمع المدني تجاه الاعلان عن تأسيس جمعية أهلية للإخوان المسلمين برقم 664 لسنة 2013 وفق قانون الجمعيات الاهلية قبل تعديل القانون الذي تجري مناقشاته حاليا بمجلس الشوري. وطالب محمد أنورالسادات عضو الاتحاد العام للجمعيات الأهلية مؤسسات الدولة ووزارة الشئون الاجتماعية بوقف مساعي جماعة الإخوان المسلمين التي تريد توفيق أوضاعها مؤقتا حسب قانون الجمعيات الأهلية الحالي لحين الاسراع في إنهاء مشروع قانون الجمعيات الجديد, حتي تسجل كهيئة جامعة لا تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات في أنشطتها ومواردها المالية. وقال محمد زارع مدير برنامج مصر بمركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان إن القانون الجديد سيميز وضع جمعية الإخوان التي ستكون هي والجمعيات التابعة لها فوق القانون مثل جمعية جيل المستقبل وجمعية محمد علاء مبارك. وأوضح أن قانون الجمعيات الأهلية يمنع الجمعيات من ممارسة العمل السياسي بكل أشكاله, وهو ما يجب أن يطلق علي الإخوان المسلمين كجمعية أهلية وبالافصاح عن مصادر تمويلها. وقال الدكتور عمار علي حسن, الخبير في الاجتماع السياسي والعمل الأهلي إن جماعة الإخوان تهدف من وراء تقنين وضعها القانوني إلي جمعية أهلية إلي التحايل علي الشعب, وأن القانون الذي كيفته الجماعة عليها لا يتيح للجمعيات الأهلية العمل بأي نشاط سياسي. وأضاف عبدالجواد أحمد مدير مؤسسة المجلس العربي لحقوق الإنسان ان الهياكل الإدارية للجماعة ستظل كما هي بالرغم من اشهار هذه الجمعية, وأن الجماعة ستعمل علي أن تكون هذه الجمعية كيانا ثالثا لها.