إبريق مروان المتابع للمتحف علي امتداد تاريخه سيجد انه حظي بهذه المكانة نتيجة للنمو الهائل في مجموعته المتحفية، وقطعا فتخطيط المتحف يشي بأنه يتسع لهذا العدد الكبير من القطع التي كانت تعرض في 24 قاعة، ويتسع لها مخزنه الكبير، فالمتحف يضم مجموعة نادرة من أدوات الفلك والهندسة والكيمياء والأدوات الجراحية والحجامة التي كانت تستخدم في العصور الإسلامية المزدهرة، بالإضافة إلي أساليب قياس المسافات كالذراع والقصبة، وأدوات قياس الزمن مثل الساعات الرملية، ومجموعة نادرة من المشكاوات المصنوعة من الزجاج المموه بالمينا، ومجموعة الخزف المصري والفخار من حفائر الفسطاط، والخزف ذي البريق المعدني الفاطمي، ومجموعة من أعظم ما أنتج الفنان المسلم من أخشاب من العصر الأموي، حيث يحتفظ متحف الفن الإسلامي بمجموعات متميزة من الخشب الأموي الذي زخرفه المصريون بطرق التطعيم والتلوين والزخرفة بأشرطة من الجلد والحفر، ومنها أفاريز خشبية من جامع عمرو بن العاص ترجع إلي عام 212 ه. بالمتحف أيضا مجموعة مهمة من الخشب الذي أنتج في العصر العباسي، وأيضا في العصر الطولوني الذي يتميز بزخارفه التي تسمي "طراز سامراء" وهو الذي انتشر وتطور في العراق، ويستخدم الحفر المائل أو المشطوف لتنفيذ العناصر الزخرفية علي الخشب أو الجص وغيرها. وتأتي أهمية التحف الخشبية التي يضمها المتحف من كونها تمثل تطور زخارف سامراء، وهي تحف نادرة، لم يعثر علي مثيلها في سامراء العراق نفسها. ومن أهم مقتنيات المتحف من أخشاب العصر الفاطمي: محراب الجامع الأزهر وأمر بصنعه الحاكم بأمر الله، ومحراب السيدة نفسيه ويرجع إلي عصر الخليفة الفاطمي الحافظ لدين الله، ومحراب مشهد السيدة رقية وهو من أجمل المحاريب إذ يحتوي علي زخارف نباتية وهندسية غاية في الدقة، وهناك أيضا تابوت من الخشب من مسجد الحسين له أربعة جوانب حافلة بالحشوات متعددة الأشكال، بداخلها زخارف نباتية مورقة ومتشابكة وتحيط به كتابات بالخط الكوفي والخط اللين علي أرضية نباتية، تحف بها كتابات معظمها آيات قرآنية بعضها يشير إلي آل البيت. ومن المعادن يوجد في المتحف مفتاح الكعبة المشرفة من النحاس المطلي بالذهب والفضة باسم السلطان الأشرف شعبان، ومن أندر ما يضمه المتحف من التحف المعدنية ما يعرف بإبريق مروان بن محمد آخر الخلفاء الأمويين، ويمثل هذا الإبريق آخر ما وصل إليه فن صناعة الزخارف المعدنية في بداية العصر الإسلامي، وهو مصنوع من البرونز ويبلغ ارتفاعه 41 سم وقطره 28سم، عثر عليه في أبي صير قرب الفيوم، وهناك أيضا دينار من الذهب مؤرخ بعام 77 هجرية؛ وترجع أهميته إلي كونه أقدم دينار إسلامي تم العثور عليه إلي الآن، بالإضافة إلي مجموعة متميزة من المكاحل والأختام والأوزان تمثل بداية العصر الإسلامي الأموي والعباسي ونياشين وأنواط وقلائد من العصر العثماني وأسرة محمد علي. يعتبر قسم المسكوكات هو أكبر أقسام المتحف علي الإطلاق وتضم مجموعة المتحف 48 ألف مسكوكة منها 38 ألف دينار من الذهب الخالص وتحمل كلها دلالات سياسية واقتصادية وفنية مختلفة، فمثلا الدنانير والدراهم وقت الأزمات كان يكتب عليها "والذين يكنزون الذهب والفضة ولا ينفقونها في سبيل الله فبشرهم بعذاب أليم"! كذلك فبالمتحف 20 ألف تحفة خزفية لامثيل لها، حتي في الدول المشهورة بصناعة الخزف. وأكثر من ستة آلاف تحفه زجاجية يقتنيها المتحف الإسلامي، أهمها مجموعة السلطان حسن. كما يضم المتحف مجموعة هائلة من شواهد القبور، تزيد علي ثلاثة آلاف شاهد، عليها نصوص بالخط الكوفي البارز أو الغائر، أقدمها علي الإطلاق شاهد قبر مؤرخ بعام 31ه، ومن المخطوطات النادرة التي يضمها المتحف، مجموعة نادرة من المصاحف أقدمها مكتوب بالخط الكوفي ويرجع إلي القرن الثاني الهجري، وآخر من العصر الأموي مكتوب علي "رَقّ الغزال". ولعل مجموعة أوراق البردي التي أهداها الدكتور هنري أمين عوض والتي تبلغ حوالي 240 قطعة من أهم المخطوطات التي تضم كتابات تاريخية ورسائل متنوعة للمعاملات الاجتماعية والاقتصادية في المجتمع الإسلامي علي مر العصور. كما يقتني المتحف مجموعة من المخطوطات المصورة في الطب والأعشاب والهندسة والتاريخ والملاحم والشعر. كما يضم مجموعات قيمة من السجاجيد التركية والإيرانية من الصوف والحرير ترجع إلي الدولة السلجوقية والمغولية والصفوية والهندية المغولية في فترة القرون الوسطي الميلادية؛ وهي من صنع أصفهان وتبريز بإيران وأخري من صناعة آسيا الصغري، حتي إن مجموعة المتحف من السجاجيد تعتبر من أغني المجموعات العالمية، وبصفة خاصة مجموعة د.علي باشا إبراهيم، لتنوعها الهائل..حيث اشتملت علي السجاد التركي والإيراني وسجاجيد الأناضول والقوقاز، ومن خلالها يمكن القيام بدراسة توضح مميزات طرز السجاد وطرق صناعتها وأساليب زخرفتها من بلد لآخر في العصور الإسلامية المختلفة. أما مجموعة المتحف من الخزف فهي من أغني المجموعات في العالم، لأنها تشتمل علي تحف متنوعة من الخزف المصري والإيراني، وبلاد ما وراء النهر، واسيا الصغري والعراق والأندلس، وتعتبر مجموعة فريدة في تنوعها وفي تقديمها للطرز الفنية المختلفة، بالإضافة إلي خزف البورسلين والسيلادون الصيني. وكان من أهم المجموعات الأثرية الكاملة التي اقتناها المتحف في تاريخه: كنز من العملات النقدية الذهبية "دنانير" بلغ عددها 3611 قطعة، عثر عليها محفوظة في جرتين من الفخار وجدتا مطمورتين تحت عتب بيت "زينب خاتون"، وفي عام 1992 اقتني المتحف كنزا ثانيا من دنانير الذهب يتألف من 701 دينار وقد عثر عليه بالصدفة أثناء إزالة أعمال ردم في أطلال بيت قديم بدرب القزازين في حي السيدة زينب. وبشكل عام يمكن القول إن المتحف يضم أغني وأندر مجموعات الفن الإسلامي في العالم.