بينما قررت اللجنة العليا للانتخابات فتح باب التقدم لمنظمات المجتمع المدنى لمراقبة الانتخابات، وقرار الحكومة بمراقبة الحسابات البنكية للمنظمات، شهدت معظم المنظمات أزمة مالية طاحنة، بسبب توقف عديد من جهات التمويل عن منح المنظمات التمويل اللازم لأعمال المراقبة. المنظمات تتجه الآن للبحث عن سبل بديلة لتمويل أعمال المراقبة على الانتخابات، وفى مقدمتها التواصل مع رجال الأعمال والبحث عن تمويل ذاتى من داخل المنظمات. أكد الناشط الحقوقى محمد زارع، رئيس المنظمة العربية للإصلاح الجنائى، أن منظمات المجتمع المدنى فى الفترة الحالية تبحث عن طرق تمويل محلية لمواصل تقديم الأنشطة، وذلك من خلال تبرعات الأعضاء، وتقديم خدمات مدفوعة الأجر، والبحث عن رعاة للأنشطة من الشركات التجارية الكبيرة. وأضاف: «حاولنا فى 2005 مراقبة الانتخابات بتمويل محلى عن طريق تقديم مشروعات منفصلة، وكانت كالآتى، للجرائد والمجلات بوضع إعلانات للمنظمة، وطباعة الكتب والتقارير مجانا فى مطابع الجرائد، وتقدمنا لشركات المحمول لتقديم خدمتها للمنظمة مجانا، ولشركات الآغذية لتقديم وجبات للمراقبين، لكن كل ذلك قوبل بالرفض من جانب كل المؤسسات، لكن هناك عديد من المنظمات الحالية ستنفذ ما فعلناه فى السابق لمراقبة الانتخابات المقبلة». وأوضح حسام الدين على، رئيس مجلس إدارة المعهد المصرى الديمقراطى، أن الآن نقدم خدمات مدفوعة الأجر لمرشحى الانتخابات للصرف على أنشطة المعهد، وتقدمنا للحكومة بمشروع قانون لإنشاء «الوقف المصرى للديمقراطية» بميزانية مليار جنيه، وهو عبارة عن صندوق وطنى تشارك فيه الحكومة ب50%، ورجال الأعمال والكيانات الاقتصادية والسياسية ب50%، وتتقدم كل المنظمات الطالبة للتمويل للصندوق بمشروعاتها لصرف التمويل وتقديم أوجه الصرف للمركزى للمحاسبات. وقال الدكتور أحمد غازى، المدير الإقليمى للمركز العربى الأوروبى لحقوق الإنسان، إن المجتمع المدنى يعانى مشكلة التمويل بعد مراقبة الدولة للحسابات البنكية ومداهمة عدد من المنظمات، لذلك نبحث الآن عن طرق بديلة لتمويل مشروع مراقبة الانتخابات المقبلة عن طريق تقديم دورات تدريبية مدفوعة الأجر، ومطالبة الحكومة بسرعة إصدار قانون صندوق المجتمع المدنى لتمويل المشروعات. وأشار غازى إلى أنه فى حالة موافقة الدولة على الصندوق فإنها تغلق الباب أم صدور تقارير موجهة ضد الدولة والاتهامات بالعمالة والخيانة التى تلاحق المنظمات، وستفتح الباب أم تقارير حيادية تفيد صنّاع القرار. بينما قال الناشط الحقوق على حسام: «سنعمل فى الفترة القادمة على تقدير عروض للأنشطة والبحث عن رعاة لها، وتأجير قاعات المنظمة، وإذا كانت تملك المنظمة مبنى كاملا فسيتم بيعه للصرف على الأنشطة، والحل الأخير عمل برتكول تعاون ما بين المنظمات ووزارة الشباب لاستخدام قاعات المراكز التابعة لها».