توترت العلاقات بين مصر وجنوب إفريقيا عقب ثورة 30 يونيو 2013 مباشرة، بعدما أكدت وزارة العلاقات الدولية والتعاون بجنوب إفريقيا، رفض حكومة بلادها لكافة الإجراءات التي شهدتها مصر والتي أدت لعزل الرئيس المنتخب وتعطيل الدستور، معتبرًا أن تلك الإجراءات تخالف مواثيق وأعراف الاتحاد الإفريقي. ووصفت جنوب إفريقيا ما حدث في مصر ب"الانقلاب العسكري"، داعية إلى إطلاق سراح محمد مرسي وكافة السجناء السياسيين المحتجزين منذ تغيير الحكومة الذي وصفوه ب"غير الدستوري" في الثالث من يوليو، دون قيد أو شرط، وناشدت كافة الأطراف المعنية نبذ أعمال العنف والأعمال الانتقامية. وكانت وزارة الخارجية في جنوب إفريقيا أصدرت بيانًا عقب فض اعتصام رابعة العدوية أدانت فيها بشدة العدد الكبير من القتلى بين المتظاهرين الإخوان، مشيرة في بيانها إلى أن "العنف الذي استخدم ضد المظاهرات المشروعة لا يدعم القضية الديمقراطية ولا يعالج الاختلافات في مجتمع يعاني من الاستقطاب مثل المجتمع المصري". وأكد البيان الذي صدر في 30 يوليو، أن حكومة جنوب إفريقيا تدعو المصريين للتحلي بروح المصالحة الوطنية التي ستؤدي إلى الاستقرار في مصر، مؤكدة على استعداد حكومة البلاد مساعدة مصر ومشاركة تجربة جنوب إفريقيا في المصالحة الوطنية. وقوبل هذا البيان باستياء شديد من الخارجية المصرية التي دعت في بيان آخر حكومة كيب تاون إلي عدم التدخل في الشؤون الداخلية للمصريين، قائلة بحسب البيان: "بدلًا من التدخل في شؤون دولة إفريقية بحجم مصر، على جنوب إفريقيا أن تنظر في حقوق عمال المناجم والذين يعانون من أقصى درجات القمع في بلادهم". كما سبق لوفد الإخوان المسمى ب"التحالف المصري للدفاع عن الشرعية" بزيارة جنوب إفريقيا عقب ثورة 30 يونيو، والتقى كبار المسؤولين في الحكومة الجنوب إفريقية الذين أكدوا للوفد تمسكهم بموقفهم مما يجري في مصر، وأعادت جنوب إفريقيا التأكيد على أن الرئيس الشرعي لمصر هو محمد مرسي المنتخب بصناديق الاقتراع. وأكدت جنوب إفريقيا للوفد تمسكها بموقفها مما يحدث في مصر لحين عودة البلاد إلى المسار الديمقراطي، كما تزعمت كتلة دول في الاتحاد الإفريقي لتجميد عضوية مصر داخل الاتحاد عقب ثورة 30 يونيو، رغبة منها في الاستحواذ على مقعد بمجلس الأمن.
