ساهمت الجمعية التأسيسية للدستور في تزايد حالة الانقسام بين الهيئات القضائية المختلفة بين الرفض و القبول لها, لما تضمنته مسودة الدستور من مواد قانونية يراها البعض أنها تنال من الاستقلال القضائي, وطالب الآخرون بإنشاء نيابة مدنية يشرف عليها مستشارو هيئة قضايا الدولة بينما رفضها نادي القضاء ومجلس القضاء الأعلي. وقال المستشار علاء قنديل عضو مجلس إدارة نادي القضاة إن القضاء الطبيعي وأعضاء النيابة العامة لن يتنازلوا عن حقهم في الدستور الجديد ويرفضون وجود نصوص قانونية, تسمح بالتدخل في السلطة القضائية, وإن ماتردد عن رفض القضاة الإشراف علي الدستور الجديد ليس قرارأ خاصأ لمجلس النادي بل هو قرار للجمعية العمومية الطارئة للقضاة التي شارك فيها أكثر من خمسة آلاف قاض. من مختلف المحافظات, كما أن مجلس القضاء الأعلي موافق علي مطالب القضاة برفض النيابة المدنية المزعوم وضعها في الدستور الجديد, مشيرا إلي أن مجلس إدارة نادي القضاة ومجلس القضاء الأعلي في انتظار رد الجمعية التأسيسية علي المذكرة التفصيلية التي قدمها المجلس للجمعية التأسيسية للدستور, وبعدها سوف نحدد موقفنا. من جانبه قال المستشار محمد طه رئيس نادي مستشاري قضايا الدولة, إن الخلافات مازالت مستمرة مع القضاة حول النيابة المدنية التي اقترحتها الجمعية التأسيسية للدستور ويرفضها القضاء الطبيعي, ولكننا نرفض دعاوي رفض الإشراف علي الاستفتاء علي الدستور الجديد لأنه واجب وطني لا يمكن التخلي عنه واضاف أن تصريحات المستشار أحمد الزند رئيس نادي القضاة, لا تمثل كل الهيئات القضائية, و هي مرفوضة بالكامل, مشيرا إلي أن الجمعية التأسيسية للدستور اقترحت إنشاء نيابة مدنية ومن هيئة قضايا الدولة هيئة قضائية مستقلة, وسوف يتم التصويت عليها. وقال المستشار مجدي الجارحي نائب رئيس مجلس الدولة إن الجمعية التأسيسية قامت بتعديل النص الخاص بمجلس الدولة, وتم الاعتراف به كهيئة قضائية مستقلة, وبذلك انتهت ازمة قضاة مجلس الدولة مع الجمعية التأسيسية لكننا نرفض المساس باستقلال القضاء, ووضع أي نصوص تخالف المباديء القضائية المتعارف عليها, مؤكدا أن قضاة مجلس الدولة سوف يشاركون في الإشراف علي استفتاء الدستور الجديد. وأكد المستشار أحمد جلال عضو مجلس إدارة النيابة الادارية, أنه لا توجد أزمة حالية بين النيابة الإدارية وبين الجمعية التأسيسية للدستور, لأنه تم النص بشكل واضح وصريح علي أن النيابة الادارية هيئة قضائية مستقلة, مؤكدا أن قضاة النيابة الادارية يرفضون دعوات عدم الاشراف علي استفتاء الدستور.