جاء اسم المتحف الآتونى ضمن ال 14 متحفا التى قدمها الدكتور خالد العنانى، وزير الآثار، إلى رئيس الوزراء الدكتور مصطفى مدبولى، فى خطته خلال السنوات المقبلة لافتتاحها للجمهور، وتم البدء فى إنشاء "الآتونى" فى 2002، لهذا نوضح ما وصل إليه المشروع. قالت إلهام صلاح الدين، رئيس قطاع المتاحف بوزارة الآثار، إن العمل بالمشروع الواقع فى محافظة المنيا مستمر، وأعمال التطوير تسير بخطى ثابتة، لأن الوزارة هدفها افتتاح جميع المتاحف المغلقة، فى ظل اهتمام الحكومة المصرية بذلك، لافتة إلى أن العمل بمشروع بناء المتحف بدأ عام 2002 على ثلاثة مراحل، حيث تضمنت المرحلة الأولى والثانية جميع الأعمال الإنشائية لمبنى المتحف وجميع الأبنية الملحقة. وأوضحت إلهام صلاح الدين، فى تصريحات خاصة ل "اليوم السابع"، أن مشروع بناء المتحف انتهى فى 2010، وكانت أعمال التطوير مستمرة، وعندما قامت أحداث يناير 2011، توقفت هذه الأعمال لعدم توافر الاعتمادات المالية اللازمة لإتمام المشروع، داخل وزارة الآثار التى كانت تعتمد على ميزانيتها الخاصة. وتابعت إلهام صلاح الدين، بدأت أعمال التطوير تعود مرة أخرى فى 2015، وذلك لإتمام المرحلة الثالثة من المشروع، التشطيبات والدهانات الخاصة بالحوائط والأسقف ونوعية الأرضيات وأماكن فتحات التكييف والإضاءة، والتأمين. جدير بالذكر أن المتحف الآتونى يتخذ الشكل الهرمى وتبلغ مساحته 25 فدانا بطول 600 متر على كورنيش النيل، و يتكون المتحف من 16 قاعة للعرض المتحفى بحيث تحكى القاعة الرئيسية تاريخ مدينة المنيا عبر العصور المختلفة أما باقى القاعات فتحتوى قطعا أثرية تسرد تاريخ و فن الفترة الأتونية، إضافة إلى مسرح وسينما وقاعة مؤتمرات تسع حوالى 800 فرد ومكتبة أثرية ومنطقة بازارات بها 19 بازارا، و 5 بحيرات صناعية تطل على النيل، وعددا من الكافيتريات، إضافة إلى مبنى إدارى به مركز لتدريب العاملين وآخر لإحياء الصناعات والحرف التراثية.
