خلل جسيم كشفه تقرير للجهاز المركزى للمحاسبات، حول توزيع الموارد المالية على الجامعات، حيث أوضح أن الجامعات الكبرى كالقاهرة وعين شمس والإسكندرية تحصل على تمويل أكبر من الجامعات الأخرى رغم قدرة هذه الجامعات على تحقيق موارد ذاتية، وأوضح التقرير تفاوتًا كبيرًا فى متوسط ما يصرف على الطالب بين الجامعات المختلفة، ما يعكس عدم وجود عدالة فى توزيع المبالغ المخصصة للإنفاق على الخدمات التعليمية بين الجامعات وبعضها ويؤدى أيضًا لوجود تفاوت فى مستوى كفاءة خريجى الجامعات. ويكشف التقرير الظلم والتجاهل الذى يعيشه أهالى أقاليم متعددة كالصعيد، فمحافظات الصعيد التى تمتد من أسوان لبنى سويف، لم تكتف الحكومات المتعاقبة بحرمانها من أغلب متطلبات الحياة، حتى عندما نظرت إليها الدولة وأنشأت لها جامعات، لم تحظ هذه الجامعات بالقدر الكافى من الموارد لتحقيق نهضة شاملة. ففى عام 1949 صدر قرار إنشاء جامعة محمد على بأسيوط، والتى لم تفتتح إلا عام 1957، لتكون الجامعة الأولى بالصعيد والرابعة فى مصر، حيث سبقها إنشاء الجامعة الأهلية بالقاهرة عام 1908 وجامعة الإسكندرية، "فاروق الأول حينئذ" عام 1942، وظل الصعيد بجامعة واحدة هى أسيوط حتى عام 1976 بإنشاء جامعة المنيا، ورغم إضافة جامعات جنوب الوادى والفيوم وسوهاج لمنظومة الجامعات بقت هذه الجامعات تعيش بتمويل بسيط لا يكاد يكفى المرتبات والأجور، رغم أن هذه الجامعات ملايين البشر وامتداد جغرافى بطول يزيد على 900 كيلومتر.