أثار إعلان مدير الكلية الحربية تأكيده على قبول الطلاب من أبناء التيارات الإسلامية السياسية (سلفيين وإخوان) التخوفات من أن يتحول الجيش من الولاء للقوات المسلحة إلى الولاء للجماعة (أخونة الجيش), وهو الأمر الذى استبعده بعض الخبراء, مؤكدين على أحقية أبناء الإخوان فى دخول الكلية الحربية طالما لم يمارسوا العمل السياسى. يقول اللواء طلعت مسلم - الخبير الاستراتيجى – "فى السابق كان يحظر على أى شخص ينتمى لتنظيمات سياسية مثل جماعة الإخوان المسلمين دخول الكلية الحربية، أما السلفيون والأزهريون والصوفيون، فلم يعترض على التحاقهم بالكلية أحد فى السابق، موضحا أن ذلك كان خوفًا من تناقض الانتماءات المتعارضة. ويضيف مسلم أنه بعد قيام الثورة أصبح الكل سواسية، خاصة وأن الدستور والقانون ليس بهما هذا التمييز القديم, مضيفًا أن الانتماء للجهات الخارجية فقط سيكون هو العائق دون دخول الكلية الحربية. "هذا حق كفله لهم الدستور الذى يقوم على عدم التمييز"، هكذا علق اللواء نبيل فؤاد - أستاذ العلوم الاستراتيجية - مضيفًا أن ممارسة التمييز فى الماضى لن تستمر فى ظل تولى الإخوان لأهم مناصب الدولة. ويوضح فؤاد أنه يجب التعامل معهم كجماعة دعوية مثل السلفيين والصوفية, مؤكدًا أنه إذا كانت جماعة الإخوان تتعامل بالسمع والطاعة فإن المؤسسة العسكرية أيضا تتعامل بمبدأ السمع والطاعة للقوانين. وحول بعض معتقدات الجماعة مثل ضرورة الحرب وتحرير الأقصى, يقول: "إن الحرب ليست نزهة وإنما إمكانات، ولو أننا نمتلك هذه الإمكانات لذهبنا لتحريرها, مشيرًا إلى أن جماعة الإخوان المسلمين أعلنت عن قبولها واحترامها لمعاهدة السلام، ما يعد أكبر دليل على إدراكها لهذا الأمر - حسب رأيه -. من جانبه، يرى عبدالغفار شكر - وكيل مؤسسى حزب التحالف الشعبى الاشتراكى ونائب أمين المجلس القومى لحقوق الإنسان - ضرورة ألا يحرم شخص توافرت به الشروط من الالتحاق بالكلية الحربية لكون أسرته تشتغل بالسياسة أو لها انتماء أو توجهه سياسى معين, مضيفا أن ذلك يمكن تقنينه بإقرار الطالب على أنه فى حالة ممارسته العمل السياسى سيتم فصله من المؤسسة العسكرية. وأضاف محمد زارع - رئيس المنظمة العربية للإصلاح الجنائى - أنه يجب ألا تقحم المؤسسة العسكرية فى العمل السياسى, مضيفًا أن المؤسسة العسكرية لابد لها أن تظل محايدة، رغم أن "ذلك لا يمنع التحاق حتى ابن المرشد العام للجماعة محمد بديع بالكلية الحربية", مشيرًا إلى أن كل المنتمين لتيارات معينة يكون ولاؤهم الأول لذلك التيار سواء أكان ناصرياً أو شيوعياً أو إخوانياً. أما الدكتور محمد قدرى سعيد - الخبير الاستراتيجى بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية - فإنه يؤكد على أن الولاء سابقًا كان مرتبطاً برئيس الجمهورية ولأن الإخوان كانوا ضد الرئيس لم يكن يسمح لهم بالتواجد داخل المؤسسة العسكرية، وهذا ما تغير حاليًا.