مشاكل كثيرة وتحديات جسام بالداخل والخارج تؤكد أن طريق البابا الجديد رقم 118 كخليفة للبابا شنودة وفق القرار الإلهى المنتظر بأيدى طفل تختار اسمه من بين المرشحين لن يكون مفروشا بالورود. الأنبا باخوميوس أسقف البحيرة والقائم مقام البابا شنودة لحين اختيار خليفته قال ل«فيتو»: اطمئن الجميع بأننا نسير على منهج وحكمة البابا شنودة ولن نسعى أبدا لتضخيم الأمور بل ستكون الصلاة والتواصل مع شركائنا فى الوطن هى الطريق للحق من أجل تحقيق المواطنة، فقد علمنا البابا شنودة أن تكون الصلاة والصبر منهج حياة وأن كل الأشياء تعمل للخير. بتحليل مضمون كلام باخوميوس وخاصة جملة "من أجل تحقيق المواطنة الكاملة " يمكن استقراء واستيضاح القضايا والملفات التى ستكون مجال اهتمام البابا الجديد وذلك بحكم علاقتها بصميم حقوق المواطنة كبناء الكنائس وصراع العلمانيين أى الشعب القبطى مع الاكليروس وكذا ملف أقباط المهجر وغيرها. السير على نهج البابا شنودة وبحسب تأكيدات باخوميوس يعنى أن البابا الجديد سيعمل بمنهج سلفه فى رفض المطالب التى تتعارض مع نصوص الإنجيل وعدم تدخل الكنيسة فى القرارات السياسية للأقباط وعدم التقييد على حريتهم فى الانضمام للأحزاب السياسية. البابا القادم سيكون أمام تحد كبير بشأن ملف يوليه الأقباط وكذلك كل المصريين اهتماما كبيرا وهو التحقيقات فى الاعتداءات التى فيها طرف قبطى كأحداث كنيسة القديسين وماسبيرو وغيرهما من القضايا المعلقة وهو ملف يحتاج لخلف يتمتع بنفس روح السلف لعلاقته بوأد الفتنة والحفاظ على نسيج الوطن الواحد كمنهج كان يحرص عليه البابا شنودة على حد قول القمص مكارى إبراهيم بنجع حمادى. الزواج الثانى وبإجماع الآراء يمثل مشكلة أشبه باللغم أمام البابا الجديد فهى تتجدد باستمرار ويتخللها اعتصامات وقضايا بسبب رفض الكنيسة منح التصريح الثانى بالزواج للمطلقين والمطلقات لغير علة الزنا وهى مسألة لن يكون للبابا القادم موقف فيها مخالف للبابا شنودة لأنها وكما يقول القمص تادرس دانيال بسوهاج محكومة بنصوص فى الإنجيل وليست محكومة باتجاهات وميول الباباوات. الحس الوطنى للبابا شنودة يضع خليفته أمام ضرورة مواصلة نفس النهج فى رفض الاحتلال الإسرائيلى لفلسطين ومنع الأقباط المصريين من الحج فى بيت المقدس إلا بعد تسوية القضية الفلسطينية تسوية عادلة وهو ملف واجه فيه البابا شنودة ضغوطا داخلية وخارجية لاثنائه عن موقفه ولكنه ظل ثابتا وشامخا على موقفه الوطنى والعروبى حسب قول القمص توما عوض راعى كنيسة العذرا بالمنوفية. كيفية التعامل مع بعض السلفيين الذين رفضوا الوقوف دقيقة حدادا في وفاة البابا شنودة وحرموا احتفال المسلمين بأعياد رأس السنة والمطالبة بإستصدار قانون موحد وعادل لبناء الكنائس فى ظل تواجد السلفيين فى البرلمان كلها قضايا مهمة تمثل للبابا القادم تحديا كبيرا لأنها تحتاج لفطنة وكياسة وتسامح فى التعامل بدون إذكاء روح الفتنة. وتواجه الكنيسة انتقادا بأنها ابتعدت عن نصوص إلهية صريحة وملزمة مما سبب لها المتاعب وتطالب رجالها بالعمل على إعادة الرهبنة إلى طبيعتها النسكية والتوقف عن الخلط بين نظامى الكهنوت والرهبنة وأشياء أخرى وذلك وفق ما جاء فى دراسة وثائقية لماجد عزت اسرائيل بعنوان «البطريرك المنتظر».