بينما طلب المجلس العسكرى، من مجلس الوزراء، إعداد تقرير حول حوادث الفتنة الطائفية، بعد الثورة، نعرض حصرا ل13 حادثة، أدت إلى وفاة 39 مسيحيا و6 مسلمين وإصابة المئات. بدأت أحداث الفتنة الطائفية بعد الثورة، بالاعتداء على رهبان دير الأنبا بيشوى القبطى، فى وادى النطرون، فى 5 فبراير 2011، مما تسبب فى هدم سور الدير بالكامل، وطعن أحد الرهبان وإصابة 7 آخرين. وقبيل نهاية شهر فبراير، وقعت أحداث كنيسة الشهيدين فى قرية صول. لم تمر إلا أيام قلائل، حتى تم الاعتداء على عدد من الشباب القبطى فى المقطم، مما تسبب فى مقتل 7 من شباب الأقباط بالرصاص الحى. وفى خضم هذا توجه آلاف من السلفيين وحاصروا الكاتدرائية الكبرى، فى العباسية والمقر البابوى، بحجة أن سيدة مسيحية، تدعى عبير فخرى قد أسلمت وقامت الكنيسة باحتجازها. كانت قصة عبير فخرى هى المحرك لحادثة كنيسة السيدة العذراء، فى شارع الوحدة فى إمبابة. السلفيون هم من أشعلوا الفتنة، التى أودت فى النهاية بحياة 13 منهم (6 مسلمين و7 مسيحيين). فى نهاية مايو، تعرض أحد القساوسة فى قرية شطب فى أسيوط، للضرب والذبح، من قبل بلطجية. وفى الأول من يونيو، قام عدد من السلفيين بقطع الطريق بين القاهرة وأسوان عند محافظة قنا، احتجاجا على تعيين محافظ قبطى. فى 30 سبتمبر 2011، قام عدد من السلفيين والمتطرفين، بالاعتداء على كنيسة مار جرجس فى قرية المريناب. التى انتهت بمذبحة ماسبيرو، التى راح ضحيتها 24 شهيدا، وأكثر من 300 مصاب، وهى الحادثة الأضخم فى عدد الضحايا، والأعنف فى طريقة حدوثها، فى تاريخ الكنيسة، على حد تعبير البابا شنودة الثالث.