"أيها الأخوة والأخوات، بعد البابا الكبير يوحنا بولس الثاني، انتخبني الكرادلة، أنا العامل البسيط المتواضع في كرم الرب.. قبل كل شيء أنا أطلب صلواتكم لمساعدتي في فرح الرب القائم من الموت، وأنا واثق من أنه سيقوم بمساعدتي، دعونا نمضي قدمًا، وسوف يساعدنا الرب" تلك كانت كلمات البابا بنديكت السادس عشر عند انتخابه وهو في سن ال78.. في مثل هذا اليوم 19 إبريل 2005 انتخب جوزيف راتزنجر لمنصب البابا بعد خلوة انتخابية قصيرة، وأقام القداس الإلهي لتنصيبه في 24 أبريل وتسلم مقاليد السلطة وفق التقليد الكاثوليكي يوم 7 مايو في كاتدرائية القديس يوحنا اللاتراني في روما. رأيه في المثلية الجنسية منذ عمله كرئيس لمجمع العقيدة والإيمان عارض البابا بنديكت السادس عشر المثلية الجنسية وكرّس عدة دراسات لحل هذه القضية وموقف الكنيسة منها، أبرزها الوثيقة الموجهة إلى جميع أساقفة الكنيسة الكاثوليكية في العالم عام 1986، وجد البابا خلالها أن المثلية تأتي بنتيجة أمراض هرمونية أو نفسية ودعا الأساقفة والكهنة إلى رعاية المثليين بهدف "معالجتهم" حسب مفاهيم الكنيسة الكاثوليكية. بعد انتخابه بابا، أصدر في 22 ديسمبر 2008 رسالة موجهة إلى الكرادلة والأساقفة أعضاء الكوريّا الرومانية، تحدث خلالها عن الجنس والدور المميز لكل من المرأة والرجل من خلاله، وقال البابا إن الكنيسة نظرت دومًا إلى الجنس كقضية مركزية في الطبيعة البشرية وذات جوهر محترم، وميز البابا بين بعض الممارسات الجنسية التي انحرفت في رأيه عن الدور المركزي للجنس وجوهره المحترم، دون أن يسمي المثلية الجنسية بشكل مباشر، ووجد أنه على الكنيسة أن تقوم بحماية الإنسان من تدمير نفسه، قاصدًا بذلك اقتناع المثليين بطبيعتهم وعدم سعيهم لتغييرها. رفض انضمام تركيا للاتحاد الأوروبي ومن ثم التراجع قبل انتخابه حبرًا أعظم، صرح الكاردينال راتزنجر إلى صحيفة لوفيجارو الفرنسية عام 2004 بأنه لا يجوز لتركيا الانضمام للاتحاد الأوروبي، وقال إنه على تركيا بدلاً من ذلك السعي لتقوية وتفعيل وجودها في رابطة العالم الإسلامي. فعلى الرغم من كون النظام التركي علمانيًا بشكل كامل، إلا أن البابا قال أن أغلب الشعب التركي هو شعب يعتنق الإسلام وتأتي جذوره من الإسلام في حين أن أوروبا هي تختلف في جذورها القادمة من المسيحية. لاحقًا وبعد انتخابه، غير البابا موقفه، فخلال زيارته الأولى لتركيا أبدى دعمه لانضمام البلاد إلى الاتحاد الأوروبي واضعًا ذلك في خانة "الحوار بين مختلف الثقافات والحضارات والأديان"، وقال البابا أيضًا خلال البيان المشترك الذي أصدره وبرثلماوس الأول بطريرك القسطنطينية المسكوني أن انضمام تركيا للاتحاد الأوروبي يجب أن يكون مرهونًا بدعم الحرية الدينية وصيانة الأقليات المسيحية فيها. استقالته استقال البابا في 28 فبراير 2013 نتيجة تقدّمه بالسن، ليكون أول بابا يستقيل منذ ستة قرون، وقال إن خطوته جاءت "لخير الكنيسة" معلنًا عنها في بداية فبراير مع بداية الصوم الكبير في المسيحية.