عام 2011 وتحديدًا في يناير، ظهرت قصة السجون السرية واضحة، ففي وقت اقتحام السجون تمكن المتظاهرون من تمييز أصوات المستغيثون خاصة في المقر الرئيسي في مدينة نصر، ليجدوا 14 فتاة و 25 شابًا، وفي الإسكندرية لم يختلف الحال كثيرًا حيث تم العثور على على سجين تردد أنه بقى عشرين عامًا في هذا المكان السري. وقد نشر محمد الدريني عام 2005 كتاب "عاصمة جهنم"، الذي تحدث فيه عن السجون السرية، وفترة سجنه أربعين يومًا، في سجن سري لا يدري تحديدًا أين هو. فيما نشرت جريدة الفاينانشيال تايمز تحليلا مطولا عن الاوضاع في مصر تحت عنوان "سجون مصر السرية" وقد حذر التحليل مما قال إنه مخاوف لدى المحللين من أن اعتقال الحكومة المصرية آلاف المعارضين في سجون سرية قد يؤدي إلى ظهور نوع جديد من "الجهاديين" وقد نشرت المنظمة العربية لحقوق الإنسان ببريطانيا تقريرًا مطولًا عن سجن العزولي الذي شبهته بسجن أبو غريب في العراق، والذي لم يكن معروفًا من فترة، قبل أن يعرفه النشاط والحقوقيون من شهور فقط، فيما نشرت الشهادات التي يتضمنها هذا التقرير حول حالات إختفاء قسري تتم في هذا السجن نظراً لعدم خضوعه لأي رقابة قضائية أو تنفيذية مدنية مما يجعل المحتجزين فيه معرضين لكل أنواع الإيذاء البدني والنفسي ومختلف ضروب المعاملة القاسية واللاإنسانية. ووفق الشهادات الواردة في التقرير فإن العديد من الأشخاص تعرضوا للإختفاء القسري بهذا السجن ، كما يحتجز السجن نوعين من الأشخاص ، وهم المحتجزون على ذمة قضايا جنائية لحين عرضهم على نيابة أمن الدولة العليا لنقل حبسهم لأحد السجون المدنية ، أما النوع الآخر والمعروف أنهم محتجزون (تحريات) وهم الأشخاص الذين تم اختطافهم من أماكن مختلفة من قبل قوات أمن بزي مدني ثم تم إيداعهم في هذا المكان لمدد متفاوتة وصلت إلى سبعة أشهر لبعض الحالات ، دون أن يتمكن ذووهم من التواصل معهم مطلقا أو يتمكن أي من المحامين الوصول إليهم أو حتى تتحرك النيابة العامة والجهات القضائية والتنفيذية المختلفة للتحقيق حول وقائع احتجازهم بشكل غير قانوني .كما تحدث الشهود عن وسائل التعذيب البشعة كالتعليق والصعق بالكهرباءوالتعرية وسكب الماء والزيت المغلي والإعتداءات الجنسية على المعتقلين ووفق شهادات بعض الضحايا هناك حالات قتل تحت وطأة التعذيب تمت في هذا السجن،ووردت في شهادات الضحايا بعض أسماء الضحايا المختفين دون أن يستدل ذووهم على أماكنهم حتى الآن. وفي تقرير قد نشر أيضًا عن حالات التعذيب التي يتعرض لها المعتقلين. نشرت صحيفة الديلى تليجراف البريطانية، تقريرا للحديث عن فيديو مسرب من داخل السجون المصرية يوضح التعذيب الذى يواجهه المحبوسون، مشيرة إلى أن هذا الفيديو مصور بكاميرا تليفون محمول. بينما يوضح تقرير منظمة حقوق الإنسان ببريطانيا، أن حالات التعذيب التي يواجهها المحبوسين عديدة، حيث التعذيب، ليتم إخضاعهم لتعذيب شديد في الفترات الأولى للاحتجاز حتى يعترفوا بتهم ملفقة تم إملاؤها عليهم أمام نيابة أمن الدولة العليا، والبعض الآخر يستمر تعذيبه بشكل غير منقطع دون سبب ودون أن توجه له أي تهمة. كذلك أشار تقرير المنظمة العربية، إلى ظروف الاحتجاز الذي يتم في ظروف غير آدمية، حيث يتم احتجاز الضحايا في أماكن ضيقة لا تتوافر فيها أي مقومات للحياة الآدمية فلا يوجد غطاء يقي المحتجز من البرد ، كما لا يوجد حمام لقضاء الحاجة ويجبر المعتقلين على قضاء حاجتهم في ( دلو ) موجود معهم بذات غرفة الإحتجاز والتي يتكدس فيها المعتقلين فيودع بها أضعاف طاقة تحملها العددية ، ولا يتوفر أي رعاية طبية للمعتقلين أو فرصة للقاء أسرهم أو محاميهم. ورابعهم، تلفيق تهم عشوائية وإجبار المعتقلين على الاعتراف بها تحت وطأة التعذيب. وأخيرًا، القتل تحت خارج القانون، حيث تم إخضاعهم لوسائل تعذيب عنيفة أودت بحياتهم ،وأغلب هذه الحالات لا يعلم ذووهم عنهم أي معلومة. وقد طالبت حملة "وطن بلا تعذيب" بالتحقيق في هذه الوقائع وبوقفها فورا، بينما طالبت نقابة المحامين بدخول هيئات حقوقية إلى مراكز الاعتقال، في حين تحدث موقع ميدل إيست مونتير البريطاني عن تعذيب وانتهاكات جنسية تتعرض لها عشرات المعتقلات المصريات المعارضات، ونقل الموقع عن تقرير ل"نساء ضد الانقلاب" أن مائتي امرأة احتجزن منذ العشرين من ديسمبر الماضي، وأنهن تعرضن للضرب والتفتيش الذاتي المهين، ونزع الحجاب والتحرش الجنسي من رجال الأمن. و في التقرير الذي نشرته المنظمة العربية لحقوق الإنسان، نشرت شهادات للمعتقلين المصريين الذين كانوا مختفيين، أو لذويهم الذين لازالوا يبحثون عنهم، ومنها شهادات أخ لمعتقل مختفي، ومعتقل سابق طريح الفراش تأتي شهادة الحسيني إبراهيم، شقيق عمر إبراهيم الحسيني الطالب بالصف الثاني الثانوي، لتوضح أنه" يوم الخميس 27 فبراير ۲۰۱4 بعد المغرب عمر كان عائدا من درس وفور وصوله المنزل داهمت قوات من قسم شرطة ثان الزقازيق المنزل ولم تجد به سوى والدتى وأخي الأصغر عمر فقامت باعتقاله ، وبعد ذلك لم نستطع الوصول له فقوات الشرطة بقسم ثان الزقازيق والتى قامت باعتقاله ترفض إعطائنا أي معلومة عن مكان تواجده ، مما دفعنا لإرسال تلغرافات إلى كل من وزير الداخلية ووزير الدفاع والمحامي العام والنائب العام لنثبت ما تم مع عمر ولنضمن عدم تلفيق أي تهم أو قضايا له ، وبعد أربعة أيام من اختطافه علمنا من أحد الأشخاص أن عمر محتجز بمعسكر الجلاء بالإسماعيلية في مبنى العازولي الدور الثاني زنزانة ۱۱ وأنه يتم تعذيبه بوسائل مختلفة ومعه هناك وتم إطلاق أيضا مجموعة كبيرة من المعتقلين ، وأخبرنا هذا الشخص والذي كان محتجزا سراحه، فاتجهنا إلى معسكر الجلاء بالإسماعيلية على الفور وهو عبارة منطقة عسكرية تحتوي على نيابة عسكرية ومحكمة عسكرية ومبنى يتم احتجاز المعتقلين العسكريين به ، وعندما سألنا وحتى هذه اللحظة لا زالت تنكر وجوده على الرغمً كان معه وتم إطلاق سراحه بعد الشخص من أننا تأكدنا من وجود عمر بالداخل من شخص آخر أيضا الأول بيومين .وقد تسربت رسائل من قبل العديد من المعتقلين بهذا السجن تؤكد وجود عمر بالداخل كما تم نقل بعضهم إلى سجن العقرب وأكدوا وجود عمر بسجن العزولى وقد قدمنا العديد من الشكاوى والبلاغات لكل الجهات القضائية والتنفيذية دون أن تحرك ساكنا حتى الآن". كما وردت شهادة من داخل إحدى السجون لأحد المعتقلين الذين كانوا بسجن العزولي، ومازال معتقل حتى الآن بسجن آخر فيقول " " دخلت معسكر الجلاء بتاريخ (.....) بعد أن قبض على من منزلي ، أنا أتحدث بهذا الكلام ليس من أجلي ولكن من أجل أناس آخرين داخل سجن العزولي بالجلاء ،تم أخذي من منزلي بعد ضربي وإهانتى وتهديدي تحت بالسلاح حتى دخلوا بي إلى سجن وكنت معصوب العينين ولا أرى أي شئ ، حتى دخولي زنزانه لا يوجد فيها إضاءة وكان عدد من فى الزنزانه ۲5 فرد فى حجره 6*4 متر .دخول الحمام مرة واحدة فى اليوم ولمده دقيقه واحدة ونوبات من الضرب والأهانه بالعصا وغيرها، ولا يوجد طعام غير خبز ومكرونه غير مكتمله الطهي ولا يوجد أي أدوية للعلاج ، كل ما يوجد هو الضرب والتعذيب والإهانة ليل نهار، يوجد معتقل يسمى حمدان قد شل داخل السجن من كثرة الضرب والتعذيب وشاب موجود معه بنفس الزنزانة قد مات من كثرة التعذيب .وأسماء من كانوا يعذبوننى (على درديري "شويش") و (أحمد رجب) هؤلاء هم السجانين الذين كانوا يضربونني ويعذبونني وكان يوجد معى معتقليين بالزنزانه لا يعلم أهلم عنهم شيئا هم (ناصر محمد سالم من العريش ) و إخوته (صالح محمد سالم) و (سالم محمد سالم ) وهؤلاء يتم تعذيبهم من حوالى 4 شهور وهم مكبليين الأيدى والأرجل والعنق ومعصوبي العينين وقد هبطت بهم طائرة هيليوكبتر وكان بها ۲5 معتقلا حيث تم حذفهم من على إرتفاع ۳ متر من الطائره وتم ضربهم وتعذيبهم حتى أغمي عليهم وحملوهم وطرحوهم داخل الزنزانة وهم موجودين الآن داخل سجن العزولى بدون تهم .أنا خرجت من سجن العزولي والآن فى المستشفى أعالج من أثر الضرب والكسر،أنا خائف من ذكر إسمى ولا مكانى خوفا من هؤلاء فقد هددونى بقتلي وقتل أسرتي لو تحدثت مع أحد ، الرجاء الشفقه والرحمه بالموجودين فى سجن العزولى ." بينما عرض البيان النصوص الدستورية التي تؤكد عدم قانونية تلك الممارسات فالمادة 45 تنص على أنه لا يجوز القبض على أحد، أو تفتيشه، أو حبسه، أو تقييد حريته بأى قيد إلا بأمر قضائى مسبب يستلزمه التحقيق. ويجب أن يُبلغ من الاتصال بذويه و بمحاميه فورا. أيضًا تنص المادة 55 على أن كل من يقبض عليه، أو يحبس، أو تقيد حريته تجب معاملته بما يحفظ عليه كرامته، ولا يجوز تعذيبه، ولا ترهيبه، ولا إكراهه، ولا إيذاؤه ً بدنيا أو ً معنويا، ولا يكون حجزه، أو حبسه إلا فى أماكن مخصصة وصحيا وتلتزم الدولة بتوفير وسائل الإتاحة للأشخاص ذوي الإعاقة. والجدير بالذكر أن مصر مشاركة في اتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية، التي دخلت حيز التنفيذ في يناير عام 1988. فيما تنفي وزارة الداخلية المصرية ما قالت إنها ادعاءات بوجود تعذيب في السجون، وطالب وزير الداخلية محمد إبراهيم -خلال لقائه موفدا أوروبيا- بمراعاة حقوق رجال الشرطة عند بحث القضايا المتصلة بحقوق الإنسان.