وجه البابا "تواضروس الثاني" انتقادات حادة للقيادة الإسلامية في مصر، وقال إن الإسلاميين مدعومون بالدستور الجديد القائم على التمييز، ويجب عدم معاملة المسيحيين كأقلية. وعكست تصريحات البابا "تواضروس الثاني" في مقابلة اليوم مع وكالة أسوشيتد برس الأمريكية الإخبارية، صخبا غير عادي على موقفه السياسي الذي اتخذه منذ تنصيبه في نوفمبر كزعيم روحي للأقباط والذي تولى البابوية وسط حالة من القلق المتزايد بين المسيحيين حول مدى قوة الإسلاميين في البلاد خاصة بعد تولى الدكتور "محمد مرسي"، المنتمي لجماعة الإخوان المسلمين، رئاسة البلاد. ورفض "تواضروس" الحوار الوطني الذي سبق ودعا إليه الرئيس "مرسي" لتوسيع عملية صنع القرار وسط انتقادات بأن حكومته تركز السلطة في جماعة الإخوان المسلمين. ورفضت معظم أحزاب المعارضة الانضمام إلى الحوار، وكذلك الكنيسة القبطية، ووصفته بأنه مجرد واجهة زائفة. وقال تواضروس "سنشارك بأي نشاط في أي حوار وطني من شأنه أن يعود بالفائدة على الأمة، ولكن عندما ينتهي الحوار قبل أن يبدأ ولن يتم تنفيذ أيا من نتائجه فإننا لن نشارك".