ضمت قضية اقتحام السجون إبان ثورة 25 يناير، عددا كبيرا من المتهمين الهاربين بلغ عددهم 101 أحالت المحكمة أوراقهم جميعًا إلى المفتي. تنوعت انتماءات المتهمين في هذه القضية، والذين بلغ عددهم الفعلي 129 متهمًا، ما بين جماعة الإخوان والتنظيم الدولي، وحركة حماس الفلسطينية، إلى جانب حزب الله اللبناني. على رأس قائمة المتهمين الهاربين في أمر الإحالة، 71 متهماً من عناصر حركة حماس منهم القياديان أيمن أحمد نوفل ومحمد محمد الهادي، أحالتهما النيابة العامة كفاعلين أصليين واتهمتهما بالتسلل الى الأرضي المصرية وإحتلال الشريط الحدودي الشرقي، واقتحام سجون وادي النطرون وأبو زعبل والمرج. وشملت القائمة المحالة إلى المفتي، القياديين بحزب الله اللبناني محمد يوسف منصور وشهرته (سامي شهاب)، وإيهاب السيد محمد مرسي وشهرته (مروان)، وباقي المتهمين الهاربين عناصر من بدو سيناء كانو مقيمين بالعريش ورفح، بالإضافة على عناصر التنظيم الدولي لجماعة الإخوان وعلى رأسهم الشيخ يوسف القرضاوي. حاول دفاع المتهمين المحبوسين من قيادات الإخوان، خلال جلسات القضية، أن يدفع المحكمة الى الاقتناع بأنه ليس هناك أية صلة بين موكليهم والمتهمين الهاربيين من عناصر حماس وحزب الله، إلا أن قرار المحكمة بإحالة أوراقهم للمفتي لإبداء الرأي الشرعي يتأكد معه أن المحكمة اطمأنت إلى أدلة النيابة بشأن اتفاق هؤلاء الهاربين مع قيادات الجماعة على اختراق الحدود المصرية واقتحام السجون لإشاعة الفوضى، حسبما ورد في الاتهامات.