أدانت مؤسسة الرئاسة أحداث العملية الإرهابية بكنيسة الوراق، وأكدت أنه لن يكون هناك مكان للإرهاب في هذا الوطن. وقالت الرئاسة في بيان لها الاثنين "تابعت رئاسة الجمهورية بأسى بالغ أحداث الجريمة الإرهابية النكراء في كنيسة العذراء مساء أمس الأحد، وإذ تتقدم رئاسة الجمهورية ببالغ العزاء للمصريين جميعا في كل ضحايا الغدر". وأكدت في بيانها أنه "لن يكون هناك مكان للإرهاب في هذا الوطن، وأن الشعب المصري ومؤسسات دولته سيجتثون بتلاحمهم ووحدة رؤيتهم وثبات خطواتهم نحو المستقبل كل جذوره".