أنكر جميع المتهمين الذين أدلوا بأقوالهم في أحداث الحرس الجمهوري جميع التهم المنسوبة إليهم من قبل نيابة شرق القاهرة الكلية برئاسة المستشار محمد البشلاوي وجاسر المغربي مدير النيابة، بإشراف المستشار مصطفى خاطر المحامي العام للنيابات. ووجهت لهم نيابة مصر الجديدة برئاسة المستشار إبراهيم صالح، تهم البلطجة والتجمهر والتعدي على أفراد قوات الجيش، والتعدي على منشأة عسكرية، وحمل أسلحة نارية وذخائر وأسلحة بيضاء والمساس بالأمن العام لتنفيذ غرضهم الإرهابي، وتكدير الأمن والسلم العام وتعطيل حركة المرور، في الأحداث التي وقعت أمام دار الحرس الجمهوري.
وأكد المتهمون في تحقيقات النيابة، أنهم لم يقوموا بإطلاق النار على قوات الحرس الجمهوري، منكرين جميع الفيديوهات التي عرضت عليهم، كما أكدوا أن الجيش أطلق النار عليهم بكثافة، وأن هنالك قناصة كانت تطلق النيران من فوق الأسطح أثناء أداء الصلاة.
وأوضح البعض الآخر، أنه كان يؤدي صلاة الفجر في المسجد المقارب لدار الحرس الجمهوري، إلا أنه تم حجزهم بداخله من قبل قوات الأمن وعند انتهاء الأحداث تم اقتيادهم إلى إحدى مدرعات الأمن المركزي، واحتجازهم بإحدى مؤسسات الأمن ثم اقتيادهم للنيابة.
ومن ناحية أخرى، امتنع عدد كبير من المتهمين بالإدلاء بأقوالهم حول الواقعة، إلا أن أعضاء النيابة أخبروهم بأن ذلك الأمر ليس في مصلحتهم، وهو الأمر الذي استجاب إليه البعض، وأدلوا بأقوالهم فيما امتنع آخرون مطالبين بندب قاضي تحقيق من وزارة العدل للتحقيق معهم.
وعرضت النيابة الأسلحة المحرزة، والتي ضمت أسلحة آلية وبنادق روسيه الصنع، على المتهمين، فأنكروا جميعا معرفتهم بها، لتصدر النيابة قرارها، بحبس 206 متهمين في أحداث اشتباكات دار الحرس الجمهوري 15 يوما على ذمة التحقيقات، كما أمر بإخلاء سبيل 446 متهما بكفالة 2000 جنيه.