أمرت نيابة شمال أسيوط برئاسة المستشارين حازم عبد الشافي المحامي العام الأول لنيابات استئناف أسيوط ومحمد بدران المحامي العام الأول لنيابات الشمال بضبط وإحضار عامل مزلقان سكة حديد المندرة وعامل البلوك. كما أمرت النيابة بضبط وإحضار سائق القطار رقم 165 ركاب أسيوط – القاهرة ،وتشكيل لجنة من كلية الهندسة لمعاينة القطار وبيان مدى صلاحيته ومدى صلاحية الفرامل من الناحية الفنية، وصرحت بدفن جثث ال48 تلميذا من ضحايا حادث تصادم القطار بأتوبيس رحلات تابع لإحدى الرحلات الخاصة، وعمل تحليل DNA لتحديد هوية تلميذين آخرين مجهولين وباشرت التحقيق.
وصرح مصدر مسؤول بالمكتب الفنى، أن النيابة أثناء معاينتها الأولية لموقع الحادث تبين وجود أشلاء عدد كبير من الأطفال داخل أتوبيس الرحلات، وقد تحفظت عليها النيابة، فضلا عن التصاق أجساد بعض الأطفال بمقدمة القطار نتيجة شدة الاصطدام، كما غطت الدماء قضبان السكة الحديد، وعثر فريق النيابة العامة على أشلاء عدد كبير من الأطفال، نتيجة تحول الأتوبيس إلى كتلة من الصفيح.