ادعى تقرير بريطاني أن المخابرات العسكرية الباكستانية لا تمول وتدرب مقاتلي طالبان في أفغانستان وحسب لكنها ممثلة رسميا أيضا في مجلس قيادة الحركة مما يعطيها تأثيرا كبيرا على العمليات، وقال التقرير الصادر عن كلية الاقتصاد بلندن: "إن طالبان تعتمد بشدة على التمويل من وكالة المخابرات العسكرية الباكستانية وجماعات في دول خليجية." وأضاف التقرير، اليوم الأحد، أن البحث يشير بقوة إلى أن دعم طالبان هو "السياسة الرسمية" لوكالة المخابرات العسكرية الباكستانية. وعلى الرغم من الاشتباه منذ فترة طويلة بوجود صلات بين المخابرات العسكرية والإسلاميين المتشددين فإن نتائج التقرير الذي قال إن اثنين من مسئولي الأمن الغربيين البارزين أيداه يمكن أن يثير مزيدا من المخاوف في الغرب بشأن التزام باكستان بالمساعدة في إنهاء الحرب بأفغانستان. وأفاد التقرير تردد أنباء عن زيارة الرئيس الباكستاني آصف علي زرداري لسجناء من العناصر البارزة بطالبان في باكستان هذا العام حيث يعتقد أنه وعد بالإفراج عنهم، وتقديم المساعدة في عمليات المتشددين مما يشير إلى أن الدعم لطالبان "يحظى بموافقة الحكومة المدنية الباكستانية على أعلى مستوى". ووصف مصدر دبلوماسي باكستاني التقرير بأنه "ساذج"، وقال أيضا إن قرار إجراء أي محادثات مع طالبان أمر يرجع للحكومة الأفغانية. وقال التقرير الذي استند إلى مقابلات مع قادة بطالبان ووزراء بارزين سابقين من الحركة فضلا عن مسئولين أمنيين غربيين وأفغان "باكستان تلعب فيما يبدو لعبة مزدوجة على نطاق مذهل". وفي مارس 2009 قال الأميرال مايك مولن رئيس هيئة الأركان الأمريكية المشتركة والجنرال ديفيد بتريوس رئيس القيادة المركزية الأمريكية إن لديهما مؤشرات على أن عناصر في المخابرات العسكرية الباكستانية تدعم طالبان والقاعدة وقالا إن على جهاز المخابرات وقف هذه الأنشطة. غير أن مسئولين غربيين بارزين أحجموا عن التحدث في هذا الموضوع علنا خوفا من الإضرار بالتعاون المحتمل من باكستان التي تملك قدرة تسلح نووية ودعمتها واشنطن بمليارات الدولارات من المساعدات العسكرية والاقتصادية. وقال مات فالدمان كاتب التقرير: "ما يبدو من ازدواجية الحكومة الباكستانية وإدراك الجماهير الأمريكية والمؤسسة السياسية لهذا يمكن أن يكون له تداعيات سياسية هائلة بالمنطقة"، وأضاف في التقرير "ما لم يحدث تغير في سلوك باكستان فسيكون من الصعب إن لم يكن من المستحيل على القوات الدولية والحكومة الأفغانية إحراز تقدم ضد التمرد". وأشار التقرير إلى أن مقابلات أجريت مع قادة طالبان في أكثر مناطق باكستان عنفا "تشير إلى أن باكستان ما زالت تقدم دعما مكثفا للتمرد فيما يتعلق بالتمويل والذخيرة والإمدادات. وأورد التقرير أيضا أنه تردد أن الرئيس الباكستاني زار نحو 50 من سجناء طالبان البارزين في موقع سري بباكستان برفقة مسئول بارز بالمخابرات العسكرية وأنه أبلغهم بأنه تم إلقاء القبض عليهم لأنه وقع تحت ضغط من الولاياتالمتحدة.