اختلف مشايخ السلفية حول المسئول عن أحداث إمبابة، فبينما نفي الشيخ محمد حسان والشيخ صفوت حجازي مسئولية السلفية عن أحداث كنيستي مارمينا والسيدة العذراء، لم يستبعد الشيخ أسامة سليمان مسئولية «السلفين الجهاديين» عن استخدام السلاح في مواجهة الأقباط. في الوقت نفسه اتفق المشايخ علي أن الفتنة سوف تأكل المصريين جميعا، لذلك فعلي الدولة أن تضرب بيد من حديد. واعترف بعض المشايخ أن الكنائس مسلحة، كما أن السلفيين مسلحون، قال الشيخ أسامة سليمان: إن هناك جماعات سلفية تتلقي تمويلا من الخارج. الشيخ أسامة سليمان القيادي في جماعة أنصار السنة قال: أنصار السنة علي وجه الخصوص ليسوا مسئولين عما حدث، فنحن لا ننتهج العنف ولا نري أنه يجوز الخروج علي المسيحيين ولاتكفيرهم ولا يجوز الخروج من أجل واحدة أسلمت أو تنصرت فنحن منذ البداية لا نميل لإشعال مثل هذه الفتن، ولا نؤيد إسالة الدماء، بما فيه من دمار لبلادنا، لذلك أري أن من خطط للأحداث الأخيرة هم بعض دعاة الثورجية السلفية، فالسلفيون ملل عديدة، فمنهم الجهاديون، ومنهم المنهجيون، ومرتكبو هذه الحوادث هم جهاديون تكفيريون. وهذه الجماعات معروفة بزعمائها عبود الزمر وناجح إبراهيم وكل من كان في السجن، فمنهجهم هو القتل وسفك الدماء، ورغم أن رموز هذه الجماعات أعلنوا أنهم راجعوا أفكارهم ونبذوا العنف، فإن هناك ما يسمي بالتقية، أي أنهم يظهرون أشياء ويبطنون أشياء أخري. السلفية الجهادية مسلحون لأنهم يعتقدون أن تغيير المنكر لابد أن يتم باليد، والأسلحة حاليا متاحة في الأسواق تباع وتشتري فنحن في زمن الفوضي، قبضة الجيش ليست حاكمة، لذلك لابد من الإسراع بانتخاب رئيس للجمهورية، فسيدنا أبوبكر بايعه الصحابة قبل أن يدفن الرسول «ص» ومصر الآن بلا حاكم. ثم إن المسيحيين أيضا مسلحون وقد حذرنا من قبل وقلنا، إن الكنائس نفسها فيها أسلحة، بينما الكل يتلقي تمويلا من الخارج، فالمسيحيون يتلقون من أقباط المهجر، والإخوان من التنظيم العالمي للإخوان ومؤكد أن لدي السلفيين قنوات تمولهم، لكني لا أعرفها. أما الشيخ محمد حسان فقال: السلفيون أبرياء من أحداث إمبابة وما ينسب للسلفيين من تهديدهم بهدم الأضرحة وإيذاء النساء ليس له أصل ولكنه كذب وافتراء من أناس يريدون الوقيعة وإحداث فتنة بين قطبي الوطن. حسان أكد أن السلفيين لا يضطهدون المسيحيين، فالأقباط ما شعروا بالأمن والأمان والاستقرار إلا في كنف الإسلام، وحمايتهم واجبة علي كل مسلم واستشهد بقول الإمام ابن حزم: اجتمعت الأمة الإسلامية علي وجوب حماية أهل الذمة وأن قتل الذمي جريمة من أبشع الكبائر فلا نظلمهم أبدا ولا نقبل لهم الإهانة ولا نقبل لهم المعاناة بل نعاملهم بالعدل وبمبدأ التسامح. يضيف حسان: المشكلة تكمن في الخطاب الديني سواء كان الإسلامي أو المسيحي، فهناك حملة تريد النيل من الإسلام افتعلت تلك الأحداث المغرضة لإشعال الفتنة الطائفية بين المصريين من المسلمين والمسيحيين. ولذلك ينبغي أن يكون خطابنا الدعوي واضحا ومحايدا ومعتدلا مطمئنا للمسلمين والأقباط. وألا يحاسب الإسلام لخطأ منتسب إليه لأن الإسلام منهج أكبر من كل الأشخاص وأكبر من كل الدعاة، فلا ينبغي أن يحمل الإسلام أي خطأ يقع من داعية أو عالم يتحدث باسم الإسلام، لأنه لايجرؤ أي عالم أن يقول أنا الإسلام. وردا علي مقولة بعض الأقباط بأن مصر في حاجة لفرض حماية من الخارج لحماية الأقباط، أقول: لستم في حاجة للاستقواء بأمريكا والخارج لأن ديننا يلزمنا بحمايتكم، فلن نقبل لكم الإهانة علي الإطلاق وسنعاملكم بالعدل. من جانبه استنكر الدكتور صفوت حجازي أحداث إمبابة بشدة نافيا أن يكون للسلفيين أي علاقة بها، مؤكدا أن ما حدث هو عملية بلطجة (منظمة)، حيث قال إنه استمع بنفسه إلي شهود عيان ممن عاصروا الحدث من المسلمين والمسيحيين فأكدوا له أن مرتكبي الحادثة دخلاء علي المنطقة وقد جاءوا يركبون الدراجات البخارية وهم ملتحون ومعهم سيوف وأسلحة بيضاء وذخائر حية وهجموا علي الكنيسة، وقاموا بإلقاء ما يشبه القنبلة داخل فنائها مما أدي إلي حدوث انفجار. وبحسب ملابسهم وأسلوبهم فهم ليسوا من السلفيين كما أشيع، وأن السلفيين ظهروا في المنطقة بعد بدء الاشتباكات بشهادة الجميع. ومن جهة أخري يري حجازي أن هناك سؤالا يفرض نفسه وهو: لماذا جاءت أحداث الكنيسة في هذا الوقت تحديدا وقت الاحتفال بمرور 100 يوم علي الثورة؟ ومن أين أتت كل كميات السلاح التي شاركت في قتل وإصابة الأبرياء مسلمين ومسيحيين؟ والإجابة ببساطة: إن هذه الأحداث مدبرة من جهات خارجية فزعت من نجاح الثورة المصرية وتريد وقوع الاشتباكات بين المسلمين والأقباط حيث يرتعدون من فكرة بناء مصر من جديد وتطلعها لأن تكون دولة قوية تقود الأمة العربية لذلك اتخذوا أقصر طريق لهدم الأمة العربية بإيقاع الفتنة بين المسلمين والأقباط ليجد البعض ذريعة لسيطرة أمريكا علي مصر والبلاد العربية كلها والتدخل في شئونها.