تقدمت اللجنة النقابية بالشركة المصرية للملاحة البحرية بمذكرة إلي عائشة عبدالهادي وزيرة القوي العاملة والهجرة لقيام مصلحة الضرائب بالحجز علي 32 مليون جنيه كضرائب مستحقة علي الشركة من عام 2005 وأكدت الشركة أنها ليست لديها سيولة لجدولة هذا المبلغ وقامت مصلحة الضرائب بالحجز علي حسابات الشركة بالبنوك وتهدد باستكمال الحجز علي أصول الشركة من السفن مما يعرضها للتوقف عن التشغيل وبالتالي عدم التزام الشركة بمواعيد الشحن والتفريغ للعملاء. وقال حسن غنيم نائب رئيس النقابة العامة للنقل البحري إن قيمة الضرائب المربوطة تظهر ما كانت عليه كفاءة الشركة والعاملين بها ومدي الربح الذي كان يتحقق قبل استحواذ الشركة الوطنية علي أسهم الشركة، مشيرًا إلي أن هذه الضرائب تخص الفترة التي كانت فيها الشركة تابعة للشركة القابضة للنقل البحري والبري وبسبب الأزمة المالية العالمية علي الشركات المحلية والعالمية مطالبًا الوزيرة ووزير الاستثمار بضرورة تحمل هذه الضرائب التي كانت تخص فترة تبعية الشركة إليها. مؤكدًا أنه في اجتماع الجمعية العامة بالشركة المصرية للملاحة البحرية في 13 مارس 2008 أقرت بأن النزاع قائم قبل تاريخ المبادلة في 10 يوليو 2005 الذي بمقتضاه تقر الشركة القابضة بأن هذه الأسهم وفقًا لهذا العقد خالية تمامًا من أي حقوق أو التزامات وأن تنقل ملكيها للشركة الوطنية.