أبدي عدد من الطرق الصوفية استياءها من قناة الجزيرة وتأتي علي رأسها الطريقة الشبراوية والجوهرية والعزمية وذلك بسبب محاولاتها لتشويه صورة التصوف في مصر وإظهاره علي إنه مجرد رقص وتخاريف في الموالد، حيث قال الشيخ عبدالخالق الشبراوي شيخ الطريقة الشبراوية ل"روزاليوسف" إن الجزيرة تعمدت في الفترة الأخيرة مهاجمة الطرق الصوفية لمجرد تبني وجهة نظر تتبناها بعض الأموال الوهابية. كما أن القناة تعمدت أخذ أحاديث ولقاءات مع مشايخ صوفية كان من بينهم الشيخ الحسيني أبوالحسن الجوهري شيخ الطريقة الجوهرية الأحمدية ثم قامت باقتطاب الحوار من أجل خدمة توجهها في اظهار الصوفية بصورة سلبية. وأكدت الطرق إن قيام الجزيرة بتشويه الصوفية عمل مشبوه.