رغم تأكيد عدد من رجال الدين الإسلامي والمسيحي علي سماحة الأديان وحضها علي السلام والمساواة ونبذ العنف إلا أنهم أرجعوا الاحتقان الذي يظهر بين بعض المسلمين والمسيحيين إلي الفهم الخاطئ لتعاليم تلك الأديان والتطبيق غير الصحيح لها بالإضافة إلي مجموعة من الملاحظات التي يجب التصدي لها. وحمل الشيخ شوقي عبداللطيف وكيل أول وزارة الأوقاف في المنتدي الديني بنقابة الصحفيين مساء أمس الأول المؤسسة الدينية الإسلامية والمسيحية مسئولية الفهم الخاطئ للدين لدي العامة قائلاً: «رجل الشارع مظلوم وغلبان والمؤسسة الدينية هي التي ظلمته بتقصير رجالها في نقل تعاليم الدين الصحيح للعامة. في حين اختلف معه الأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة وقال إن المشكلة ليست في القيادات ورجال الدين لكن في عدم فهم الناس للدين والانسياق خلف قوي تثير الفتنة محملاً وسائل الإعلام مقروءة ومرئية ومسموعة المسئولية الكبري في إثارة الفتنة لما لها من تأثير. وطالب مرقس بإعادة النظر في المناهج الدراسية وتفعيل الدستور مشددًا علي أن أحداث نجع حمادي ليست وليدة اليوم، وقال لو علم العامة العلاقة الطيبة والحب بين شيخ الأزهر والبابا شنودة لما حدث عنف. وقال د. نبيل لوقا بباوي عضو مجلس الشوري إنه أعد دراسة كشفت عن أن 138 حادث فتنة منذ عهد عبدالناصر وحتي الآن 88% منهما كانت بسبب ترميم الكنائس أو بنائها. وشكك هاني عزيز رئيس جمعية محبي مصر في إمكانية صدور قانون موحد لدور القيادة مطالبًا ببناء كنيستين مقابل عشرة مساجد.. وقال إن أقلام الكتاب المسلمين هي التي كانت أكثر قوة في الدفاع عن البابا شنودة عندما استوقفته السلطات في مطار أمريكا وطالبته بخلع حذائه للتفتيش.