تقدم عدد من موظفي هيئة السكة الحديد بشكاوي إلي المهندس علاء فهمي وزير النقل وهيئة الرقابة الإدارية ضد المهندس مصطفي قناوي رئيس الهيئة بسبب تعيين المهندس سيد عيسي مديراً للهيئة للفحص وهو وفقا لشكواهم لا يستحق تعيينه مديرا للهيئة قبل أن يمر عليه عام في عمله كمدير عام للمبيعات والتسويق بالمسافات الطويلة. تردد أن قرار قناوي تسبب له في حالة من القلق التي اربكت عمله بالهيئة، خاصة مع الشكاوي ضده لدي المهندس علاء فهمي وزير النقل وهيئة الرقابة الإدارية، إلا أن قناوي أكد في تصريح خاص لروزاليوسف أنه يحق لرئيس الهيئة تعيين أي شخص تؤكد التقارير الخاصة بالأداء كفاءته قائلاً: إن العمل في الهيئة يسير وفقا للخطط الموضوعة وبدأت تظهر ثمارها، لاسيما في انتظام مواعيد قيام ووصول القطارات وهو ثمار مجهود كبير في جميع القطاعات بهيئة السكة الحديد. قال إن تلك الشكاوي لن تشغلني عن مواصلة العمل علي تنفيذ خطط التطوير، خاصة أن القرار قانوني وليس مجاملة لأحد.