هاجم القمص صليب متي ساويرس عضو المجلس الملي اقتراح مجموعة العلمانيين الأقباط بإنشاء مجلس أعلي للكنيسة يرأسه البابا شنودة الثالث وقال لروزاليوسف: الاقتراح مرفوض لأن الكنيسة الأرثوذكسية لها ثوابتها وتقاليدها ومؤسسات تحكمها. وأضاف المجلس الملي العام والمجالس الملية الفرعية بالمحافظات والتي تضم مجموعة علمانيين أقباط تساعد الإكليروس ورجال الدين المسيحي في الإدارة العامة لشئون الكنائس والإبراشيات. واتهم مجموعة الأقباط العلمانيين بمحاولة إحداث البدع علي طريقة الكنيسة اللوترية لإثارة البلبلة داخل الوسط الكنسي متجاهلين ثوابتها وتقاليدها. ورفض الاتهامات التي ساقتها المجموعة ضد سكرتارية البابا لأنهم لا يوصلون له مطالب شعب الكنيسة، قائلاً: سكرتارية البابا أمناء في مواقعهم أكفاء في إدارة عملهم الكنسي.