انتقد التيار العلماني القبطي تدخل الكنيسة الأرثوذكسية في المواقف السياسية بعد تصريحات لرموز كنسية حول انتخابات الرئاسة المقبلة والموقف من ترشيح جمال مبارك. وأكد البيان الصادر عن اللجنة التأسيسية للتيار العلماني بقيادة كمال زاخر إن الدستور وفقًا للتعديلات الأخيرة أقر تعدد المرشحين للرئاسة وفق معايير محددة تتطلب وجود أكثر من مرشح، وأضاف البيان: تصريحات الرموز القيادية الكنسية في هذا الشأن تكشف عن حالة تضارب بين رجال الإكليروس مرة في صفوف التأييد وأخري في صفوف المعارضة وثالثة في صفوف المكابرة. ودعا التيار العلماني البابا شنودة والقيادات الكنسية إلي عدم الانزلاق إلي معترك السياسة لتبقي الكنيسة بمنأي عن المهاترات والصراعات التي تخصم من مهمتها الروحية والدعوية.