نشبت الخلافات مبكرا بين النقابات العمالية المستقلة بسبب صراعات علي المناصب والتمويل الخارجي وقررت دار الخدمات النقابية والعمالية الانسحاب من تأسيس الاتحاد المصري للنقابات المستقلة علي أن تستمر في القيام بجميع مهامها وأنشطتها الأصلية التي تدخل في صميم عملها كمنظمة مجتمع مدني. يأتي هذا الانسحاب بسبب صراع كمال أبوعيطة القيادي بنقابة الضرائب العقارية المستقلة مع كمال عباس المنسق العام لدار الخدمات النقابية علي تولي رئاسة الاتحاد المصري للنقابات المستقلة الذي اتخذ بشارع قصر العيني مقرا له. وفي محاولة منها للتغطية علي الخلافات بررت الدار المشاكل التي ظهرت بشأن تأسيس الاتحاد المستقل بأن ذلك ينذر بخطر لن يستفيد منه سوي المعادين للحريات النقابية معتبرين أن اتحاد العمال الشرعي سيكون أول الجهات المستفيدة من الخلافات ولذلك قررت الدار الانسحاب. اللافت أن دار الخدمات النقابية اعلنت مواصلة العمل والضغط من أجل إصدار قانون الحريات النقابية الذي يكفل حق العمال المصريين في تكوين نقاباتهم المستقلة دون قيود، ومواجهة الحملة الشرسة التي يديرها «الاتحاد العام لنقابات العمال» بالتعاون مع حلفائه في أجهزة الدولة التنفيذية وقطاع الأعمال العام لوقف إصدار القانون. يأتي ذلك في الوقت الذي قال فيه محمد مرسي أمين عام اتحاد العمال أن النقابات المستقلة مجرد سراب ليس لها أي كيانات أو شرعية وسط العمال في المصانع والشركات مشيرا إلي أنه تم رفع جنح مباشرة ضد وزير القوي العاملة والهجرة لموافقته علي تأسيس هذه النقابات. وأوضح أن الخلافات علي المناصب والتمويل ستكشف الحجم الحقيقي للنقابات المستقلة التي يعد اسمها الحقيقي «نقابات عشوائية».