استضافت مصر النسخة الخامسة والعشرين من أمم أفريقيا عام 2006، وكانت هذه البطولة تحديداً بداية لسيطرة تاريخية للمنتخب المصري تحت قيادة مدرّبه الوطني حسن شحاته الملقّب بالمعلم، الذي نجح في ترك بصمة تاريخية رائعة علي صعيد التدريب حيث إنه أصبح المدرّب الوحيد في العالم الذي يتمكّن من قيادة منتخب إلي التتوّيج باللقب القاري ثلاث مرّات متتالية أعوام 2006 و2008 و2010. في بطولة 2006 نجح المنتخب المصري في شقّ طريقه بقوّة حتى وصل إلى المباراة النهائية والتي واجه خلالها أفيال كوت ديفوار وانتهت المباراة بفوز بشقّ الأنفس لأصحاب الأرض بركلات الترجيح (4-2) وذلك عقب انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل السلبي دون أهداف. احتلّ صامويل إيتو صدارة هدّافي البطولة برصيد خمسة أهداف.