يبدو أن مشكلة طعم القهوة، وجودة البن المستخدم لن يكون الشاغل الوحيد لمحبي القهوة، إذ أن دراسة ربطت بين فنجان القهوة والعديد من الأمراض. وبينت الدراسة الخطر الكامن لكبسولة القهوة، وأيضا لبقايا البن على الصحة العامة.قد يكون من المفيد أن يدقق محبو القهوة عندما يتعلق الأمر بإعداد ومذاق شرابهم المفضل وقد ينبغي عليهم أن يأخذوا في اعتبارهم إتباع سلوكا أكثر صرامة عندما يتعلق الأمر بنظافة ماكينات القهوة الخاصة بهم. فقد تبين للعلماء أن أنواعا عديدة من الأمراض تتجمع في رواسب القهوة وفي كبسولات ماكينة القهوة المستهلكة. وعن هذا صرح رئيس مختبر علم الأحياء الدقيقة الغذائي في جامعة مونستر للعلوم التطبيقية في ألمانيا فريتس تيتغماير أن" تفل القهوة الرطب يساعد على نمو العفن". وإذا تركت كبسولة القهوة المستخدمة في الماكينة لأيام قليلة قبل أن تتخلص منها، فربما تبقى بعض أنواع العفن هناك وربما بذلك تضيفها إلى عملية تحضيرك القهوة القادمة. ووفقا للخبير الألماني فإن الخطورة تكمن أن التلوث قد يكون سما مقاوما للحرارة، يسمى ميكوتوكسين (السموم الفطرية)، هذا السم من غير الممكن التعرف عليه عن طريق العين، كما لا يوجد طعم خاص به، إلا أنه مؤذ للصحة العامة. ويحذر الخبراء من أن حاويات المياه والأنابيب البلاستيكية في ماكينات القهوة بيئة تكاثر مثالية للبكتريا إذا لم يتم تنظيفها بشكل ملائم. إذ يمكن أن تستقر البكتريا هناك في شكل أغشية حيوية، لذلك يتوجب تنظيف ماكنة القهوة بشكل كاف، وبطرق سليمة. وبالرغم من بشاعة تخيل أن ماكينة القهوة مليئة بالكائنات الدقيقة فإنها لا تشكل خطرا على الصحة بشكل رئيسي، إذ أن تسخين المياه إلى 80 درجة مئوية يقتل الجراثيم الموجودة في المياه"، بحسب الخبير الألماني. إلا أن استخدام الماكينة لصنع مشروبات باردة، يمكن أن يكون مقلقا. ويقول تيتغايمر: "في المشروبات الباردة مثل الشاي المثلج أو القهوة المثلجة فإن كل الجراثيم ستبقى". والأنباء الجيدة أن الكثير من ماكينات القهوة تشمل برنامجا للتنظيف الذاتي ولكن هناك أشياء إضافية أيضا يمكنك فعلها للتأكد من خلوها من الجراثيم . لذلك فقد يكون من الضروري وضع أجزاء ماكينة القهوة في ماء مغلي للتعقيم، أو يجب أن تنظفها يدويا بالمياه بدون أي سائل غسيل، وسيكفي فعل هذا مرة بالأسبوع.
