أثار اقتراح وزير الثقافة فاروق حسنى إنشاء لجنة جديدة للثقافة الدينية بالمجلس الأعلى للثقافة جدلاً واسعاً أثناء اجتماع لجان المجلس لطرح أهم القضايا المثارة على الساحة المجتمعية وأهمها تبعات أحداث كنيسة القديسين. الوزير فاروق حسنى أكد على ضرورة إنشاء لجنة للثقافة الدينية لمناقشة كل القضايا المتعلقة بالثقافة الإسلامية والقبطية وتفعيلها من خلال أنشطة ومهام مكثفة لمساعدة المجتمع على تخطى تبعات وأحداث أى فتنة طائفية. بينما عارضت د. ليلى تكلا مقررة لجنة ثقافة المواطنة بالمجلس الأعلى للثقافة إنشاء هذه اللجنة مؤكدة أن لجنة المواطنة يمكن أن تؤدى نفس الدور. وأضافت د. تكلا أن لجنة ثقافة المواطنة بذلت الكثير من الجهد لتعزيز المواطنة من خلال مراجعة مناهج التعليم ومعالجة القصور الثقافى بالجامعات ومراكز الشباب، مشيرة إلى أهمية التوعية بثقافة المواطنة وتعزيز دورها فى بناء المجتمع. وفى السياق ذاته أكد الدكتور محمد صابر عرب رئيس الهيئة المصرية العامة للكتاب أن القضية ليست لجنة للفكر الدينى أو الثقافة الدينية، مشيراً إلى أن المجتمع المصرى مستهدف بشكل دائم مما يتطلب وضع رؤية استراتيجية تعمل عليها كل هيئات ومؤسسات الدولة لتعميق ثقافة المواطنة. فى حين سجل الدكتور محمد نور عرفات اعتراضه على إنشاء لجنة للثقافة الدينية خوفا من سيطرة بعض الأفكار وردود الأفعال التى قد تكون متضادة أو مختلفة بين أعضاء اللجنة. من جانبه أيد الدكتور أحمد عمر هاشم فكرة إنشاء لجنة الثقافة الدينية مؤكدا على أنها جديدة وتعطى استمرارية لمعالجة الأحداث الأخيرة والاستماع للطرفين المسلم والمسيحى مما يعمق مفهوم الدولة المدنية. كما أيد الدكتور مصطفى الفقى الفكرة مؤكداً على أهمية تفعيل دور المجلس ووضع تصور صحيح لهذه اللجنة على أن تضم مثقفين من الجانبين المسلمين والمسيحيين، بالإضافة إلى عدد من الفنانين. بينما أشار د. علىّ الدين هلال إلى أن الفرصة متاحة الآن أمام المثقفين لكسب روح وعقل المواطنة ونشر روح الاستنارة استنادا على ثقافة المواطنة. أما الكاتب الصحفى صلاح عيسى فأكد على أن المجلس يمكنه تشكيل لجنة للفكر الدينى لمناقشة الأفكار التى تضر بالوحدة الوطنية وإصدار توصيات بها لعدم جواز المقارنة بين الأديان فى منابر الإعلام. ولفت الشاعر الكبير أحمد عبد المعطى حجازى إلى أن اللجنة المقترحة قد لا تكون قادرة على مواجهة بعض مؤسسات الدولة كمجمع البحوث الإسلامية والذى لا يزال يستخدم لفظ الذميين رغم انتهاء مفهومه فى العصر الحالى.