أثار الدكتور محمد عمارة عضو مجمع البحوث الإسلامية استياء وغضب منظمي ملتقي الفكر الإسلامي بالحسين بعدما أوقعهم في حرج شديد مع شيخ الأزهر محمد سيد طنطاوي بعدما قال عمارة إن الأزهر "تخلف" شأنه في ذلك شأن مؤسسات الدولة الأخري بعدما اقتصر فقط علي تدريس مذكرات للأساتذة، الهدف منها جمع المال وليس بغرض العلم وابتعد عن تدريس اسهامات العلماء السابقين من أمثال شلتوت ومحمد عبده والمراغي ومصطفي عبدالرازق.. وطالب د. عمارة بوجود قطاع من العلماء المستقلين عن السلطة حتي يتمكنوا من قول كلمة الحق لأن الابقاء علي الوضع الحالي كما قال يحول العلماء إلي جهة نفاق السلطة ومجاملتها. وفيما يتعلق بالموقف المتأزم بين السنة والشيعة.. طالب عمارة الشيعة بضرورة مراعاة مواقفهم تجاه الصحابة، حيث يقولون علي عمر بن الخطاب إنه أكبر صنم عرفه التاريخ، وأبوبكر قام بسم الرسول لتولي الخلافة وهكذا فعل عمر مع سابقه وغيرها من الأمور التي تعد فحشاً فكرياً حيث يسبون الصحابة بطريقة لم يفعلها اليهود والنصاري، لدرجة أن الإمام الخميني يقول عن السيدة عائشة بأنها أخبث من الكلاب والعياذ بالله، وبذلك يكفر 90% من الأمة وهم أهل السنة ويسعون لشق صف الأمة بذلك. وأضاف د. عمارة أننا لا نكفّر أحداً حيث أصدرنا الموسوعة الفقهية وتحتوي علي المذهب الجعفري الشيعي كما أن الشيخ شلتوت من قبل أباح التعبد بالمذهب الشيعي بينما لم يخرج أحد من الشيعة ليعترف بالتعبد بالمذاهب السنية. وحذر من وضع الأقليات في سلة واحدة فمنهم السفهاء ومنهم العقلاء، مشيراً إلي أن اليهودي ناعوم تشومسكي كان أكثر نصرة للإسلام وقضاياه من دعاة الفضائيات الحاليين، حيث مكانهم الطبيعي القراءة علي المقابر وأخذ القرص كصدقة جارية فقط.